| 1 | Da Costa Joao Nogueira | 2001 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 00'56''35 | 653 |  |  | |
50m 27.45 (27.45) 100m 56.35 (28.90) [56.35] |
| 2 | Fernandes Joao Manuel | 1997 | POR Clube Naval Do Funchal | 00'58''05 | 597 | | | |
50m 27.56 (27.56) 100m 58.05 (30.49) [58.05] |
| 3 | Diaz Gonzalez Juan Manuel | 1999 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'58''18 | 593 | | | |
50m 28.32 (28.32) 100m 58.18 (29.86) [58.18] |
| 4 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 00'58''44 | 585 | | | |
50m 28.29 (28.29) 100m 58.44 (30.15) [58.44] |
| 5 | Vilhena Tiago Miguel | 2001 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'59''59 | 552 | | | |
50m 28.85 (28.85) 100m 59.59 (30.74) [59.59] |
| 6 | Silva Job Santos | 1996 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'59''81 | 546 | | | |
50m 28.95 (28.95) 100m 59.81 (30.86) [59.81] |
| 7 | Fernandes Rui Afonso | 2003 | POR Clube Desportivo Nacional | 00'59''90 | 544 | | | |
50m 28.95 (28.95) 100m 59.90 (30.95) [59.90] |
| 8 | Fidalgo Mateus Valente | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 01'00''19 | 536 | | | |
50m 29.21 (29.21) 100m 1:00.19 (30.98) [1:00.19] |
| 9 | Hadzhilar Soner Tunay | 1993 | POR Clube Natacao De Olhao | 01'00''66 | 523 | | | |
50m 28.58 (28.58) 100m 1:00.66 (32.08) [1:00.66] |
| 10 | Sousa Daniel Ribeiro | 1995 | POR Sociedade Filarmonica Gualdim Pais | 01'00''70 | 522 | | | |
50m 29.76 (29.76) 100m 1:00.70 (30.94) [1:00.70] |
| 11 | Pinto Rodrigo Melo | 2001 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 01'00''87 | 518 | | | |
50m 28.91 (28.91) 100m 1:00.87 (31.96) [1:00.87] |
| | Neves Joao Pedro | 1996 | POR Clube Desportivo Da ABP Gouveia | 01'00''87 | 518 | | | |
50m 29.33 (29.33) 100m 1:00.87 (31.54) [1:00.87] |
| 13 | Martins Samuel Dias | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'01''31 | 507 | | | |
50m 29.86 (29.86) 100m 1:01.31 (31.45) [1:01.31] |
| 14 | Ferrao Goncalo Carvalho | 2001 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'01''62 | 499 | | | |
50m 29.44 (29.44) 100m 1:01.62 (32.18) [1:01.62] |
| 15 | Pires Joao Nuno | 1994 | POR Clube De Natacao Da Guarda | 01'02''02 | 490 | | | |
50m 30.84 (30.84) 100m 1:02.02 (31.18) [1:02.02] |
| 16 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'02''13 | 487 | | | |
50m 30.04 (30.04) 100m 1:02.13 (32.09) [1:02.13] |
| 17 | Costa Joao Peres | 2004 | POR Clube Naval Praia Da Vitoria | 01'02''33 | 482 | | | |
50m 30.40 (30.40) 100m 1:02.33 (31.93) [1:02.33] |
| 18 | Araujo Sergio Daniel | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 01'02''76 | 473 | | | |
50m 29.89 (29.89) 100m 1:02.76 (32.87) [1:02.76] |
| 19 | Marques Diogo Puidival | 2000 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'02''97 | 468 | | | |
50m 29.33 (29.33) 100m 1:02.97 (33.64) [1:02.97] |
| 20 | Freitas Joao Pinto | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'03''15 | 464 | | | |
50m 30.38 (30.38) 100m 1:03.15 (32.77) [1:03.15] |
| 21 | Gomes Diogo Sousa | 2002 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'03''25 | 462 | | | |
50m 30.85 (30.85) 100m 1:03.25 (32.40) [1:03.25] |
| 22 | Dias Tiago Miguel | 2003 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 01'03''44 | 457 | | | |
50m 30.63 (30.63) 100m 1:03.44 (32.81) [1:03.44] |
| 23 | Teixeira Joao Miguel | 1995 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'03''49 | 456 | | | |
50m 29.67 (29.67) 100m 1:03.49 (33.82) [1:03.49] |
| 24 | Maia Bruno Miguel | 2001 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'04''91 | 427 | | | |
50m 31.51 (31.51) 100m 1:04.91 (33.40) [1:04.91] |
| 25 | Costa Bernardo Ferro | 1997 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'05''23 | 421 | | | |
50m 30.83 (30.83) 100m 1:05.23 (34.40) [1:05.23] |
| 26 | Oliveira Jose Miguel | 2003 | POR Clube Naval Setubalense | 01'05''61 | 414 | | | |
50m 31.50 (31.50) 100m 1:05.61 (34.11) [1:05.61] |
| 27 | Pinho Duarte Sa | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'05''63 | 413 | | | |
50m 31.68 (31.68) 100m 1:05.63 (33.95) [1:05.63] |
| 28 | Dias Francisco Teixeira | 2002 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 01'07''24 | 384 | | | |
50m 32.53 (32.53) 100m 1:07.24 (34.71) [1:07.24] |
| 29 | Paz Antonio Manuel | 2004 | POR Clube Act Fisica Bomb. De Ponta Delgada | 01'07''64 | 377 | | | |
50m 32.77 (32.77) 100m 1:07.64 (34.87) [1:07.64] |
| 30 | Silva Guilherme Tomas | 2003 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'08''05 | 371 | | | |
50m 32.79 (32.79) 100m 1:08.05 (35.26) [1:08.05] |
| 31 | Oliveira Afonso Torre | 2001 | POR Viana Natacao Clube | 01'08''20 | 368 | | | |
50m 33.34 (33.34) 100m 1:08.20 (34.86) [1:08.20] |
| 32 | Silva Duarte Filipe | 2003 | POR Buzios - Associacao De Nadadores Salvadores De Coruche | 01'09''84 | 343 | | | |
50m 34.03 (34.03) 100m 1:09.84 (35.81) [1:09.84] |
