| 1 | Santos Joao Duarte | 1995 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'57''02 | 599 |  |  | |
50m 26.71 (26.71) 100m 57.02 (30.31) [57.02] |
| 2 | Mestre Afonso Godinho | 1995 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 00'57''22 | 593 | | | |
50m 26.74 (26.74) 100m 57.22 (30.48) [57.22] |
| | Martynenko Dmytriy Eugeniyovich | 1997 | POR Clube Desportivo Da ABP Gouveia | 00'57''22 | 593 | | | |
50m 26.54 (26.54) 100m 57.22 (30.68) [57.22] |
| 4 | Ferreira Miguel Goncalves | 1993 | POR Clube Desportivo Nacional | 00'57''54 | 583 | | | |
50m 26.68 (26.68) 100m 57.54 (30.86) [57.54] |
| 5 | Sequeira Afonso Meneses | 1999 | POR Clube Naval Do Funchal | 00'57''74 | 577 | | | |
50m 26.77 (26.77) 100m 57.74 (30.97) [57.74] |
| 6 | Travassos Rodrigo Alexandre | 2002 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'58''50 | 555 | | | |
50m 27.90 (27.90) 100m 58.50 (30.60) [58.50] |
| 7 | Lopes David Granja | 1990 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'59''08 | 538 | | | |
50m 26.97 (26.97) 100m 59.08 (32.11) [59.08] |
| 8 | Nova Tiago Vila | 2000 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'59''27 | 533 | | | |
50m 27.47 (27.47) 100m 59.27 (31.80) [59.27] |
| 9 | Santos Goncalo Duarte | 2000 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'59''28 | 533 | | | |
50m 27.77 (27.77) 100m 59.28 (31.51) [59.28] |
| 10 | Soares Luis Filipe | 1998 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'59''71 | 522 | | | |
50m 27.39 (27.39) 100m 59.71 (32.32) [59.71] |
| 11 | Magalhaes Eduardo Miguel | 2002 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'00''19 | 509 | | | |
50m 27.82 (27.82) 100m 1:00.19 (32.37) [1:00.19] |
| 12 | Amaral Francisco Rodriguez | 2002 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'00''28 | 507 | | | |
50m 28.10 (28.10) 100m 1:00.28 (32.18) [1:00.28] |
| 13 | Azevedo Andre Botelho | 2002 | POR Clube Naval Praia Da Vitoria | 01'00''45 | 503 | | | |
50m 28.21 (28.21) 100m 1:00.45 (32.24) [1:00.45] |
| 14 | Silva Luis Afonso | 2002 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 01'00''49 | 502 | | | |
50m 28.10 (28.10) 100m 1:00.49 (32.39) [1:00.49] |
| 15 | Sousa Daniel Ribeiro | 1995 | POR Sociedade Filarmonica Gualdim Pais | 01'00''54 | 500 | | | |
50m 27.74 (27.74) 100m 1:00.54 (32.80) [1:00.54] |
| 16 | Simoes Manuel Baptista | 2003 | POR Clube Uniao 1919 | 01'00''55 | 500 | | | |
50m 27.61 (27.61) 100m 1:00.55 (32.94) [1:00.55] |
| 17 | Valente Henrique Pinheiro | 2003 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 01'00''68 | 497 | | | |
50m 28.48 (28.48) 100m 1:00.68 (32.20) [1:00.68] |
| 18 | Costa Marco Antonio | 2002 | POR Clube De Natacao Da Guarda | 01'00''71 | 496 | | | |
50m 28.15 (28.15) 100m 1:00.71 (32.56) [1:00.71] |
| 19 | Morim Pedro Soares | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 01'01''51 | 477 | | | |
50m 28.32 (28.32) 100m 1:01.51 (33.19) [1:01.51] |
| 20 | Silva Pedro Manuel | 1997 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'01''69 | 473 | | | |
50m 28.51 (28.51) 100m 1:01.69 (33.18) [1:01.69] |
| 21 | Fernandes Romeu Ribeiro | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'01''73 | 472 | | | |
50m 28.71 (28.71) 100m 1:01.73 (33.02) [1:01.73] |
| 22 | Lopes Miguel Sanches | 2001 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'02''37 | 458 | | | |
50m 29.19 (29.19) 100m 1:02.37 (33.18) [1:02.37] |
| 23 | Melo Filipe Ferrao | 2001 | POR Clube Naval Setubalense | 01'02''38 | 457 | | | |
50m 29.04 (29.04) 100m 1:02.38 (33.34) [1:02.38] |
| 24 | Coelho Rodrigo Manuel | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'02''44 | 456 | | | |
50m 29.04 (29.04) 100m 1:02.44 (33.40) [1:02.44] |
| 25 | Santos Joao Pedro | 2003 | POR Clube Act Fisica Bomb. De Ponta Delgada | 01'02''81 | 448 | | | |
50m 29.23 (29.23) 100m 1:02.81 (33.58) [1:02.81] |
| 26 | Monteiro Rodrigo Manuel | 1998 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'03''99 | 424 | | | |
50m 29.63 (29.63) 100m 1:03.99 (34.36) [1:03.99] |
| 27 | Lopes Pedro Pereira | 1999 | POR Buzios - Associacao De Nadadores Salvadores De Coruche | 01'04''28 | 418 | | | |
50m 29.12 (29.12) 100m 1:04.28 (35.16) [1:04.28] |
| 28 | Vitorino Antonio Miguel | 1996 | POR Viana Natacao Clube | 01'04''63 | 411 | | | |
50m 28.72 (28.72) 100m 1:04.63 (35.91) [1:04.63] |
| 29 | Santos Guilherme Clara | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'04''91 | 406 | | | |
50m 29.87 (29.87) 100m 1:04.91 (35.04) [1:04.91] |
| 30 | Ferrao Gabriel Carvalho | 2005 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'06''35 | 380 | | | |
50m 29.87 (29.87) 100m 1:06.35 (36.48) [1:06.35] |
| 31 | Sousa Jose Nuno | 1999 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 01'10''27 | 320 | | | |
50m 31.30 (31.30) 100m 1:10.27 (38.97) [1:10.27] |
| 32 | Vilaca Joao Pedro | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'11''34 | 306 | | | |
50m 32.86 (32.86) 100m 1:11.34 (38.48) [1:11.34] |
