| 1 | Araujo Sergio Daniel | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 01'08''29 | 539 |  |  | |
50m 32.82 (32.82) 100m 1:08.29 (35.47) [1:08.29] |
| 2 | Fangueiro Diogo Morgado | 2002 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'09''06 | 522 | | | |
50m 32.53 (32.53) 100m 1:09.06 (36.53) [1:09.06] |
| 3 | Cruz Miguel Angelo | 1996 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'09''83 | 505 | | | |
50m 32.96 (32.96) 100m 1:09.83 (36.87) [1:09.83] |
| 4 | Castro Helder Ribeiro | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'11''12 | 478 | | | |
50m 33.93 (33.93) 100m 1:11.12 (37.19) [1:11.12] |
| 5 | Travanca Sergio Filipe | 2000 | POR Leixoes Sport Club | 01'11''65 | 467 | | | |
50m 34.08 (34.08) 100m 1:11.65 (37.57) [1:11.65] |
| 6 | Costa Hugo Alexandre | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'12''83 | 445 | | | |
50m 34.41 (34.41) 100m 1:12.83 (38.42) [1:12.83] |
| 7 | Araujo Joao Guilherme | 2003 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'13''02 | 441 | | | |
50m 34.59 (34.59) 100m 1:13.02 (38.43) [1:13.02] |
| 8 | Moura Diogo Goncalves | 2002 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'13''18 | 438 | | | |
50m 34.38 (34.38) 100m 1:13.18 (38.80) [1:13.18] |
| 9 | Silva Rui Pedro | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'13''22 | 438 | | | |
50m 34.21 (34.21) 100m 1:13.22 (39.01) [1:13.22] |
| 10 | Maia Bruno Miguel | 2001 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'13''38 | 435 | | | |
50m 35.04 (35.04) 100m 1:13.38 (38.34) [1:13.38] |
| 11 | Sousa Jose Moreira | 2001 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'14''03 | 423 | | | |
50m 34.77 (34.77) 100m 1:14.03 (39.26) [1:14.03] |
| 12 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'14''08 | 423 | | | |
50m 35.26 (35.26) 100m 1:14.08 (38.82) [1:14.08] |
| 13 | Silva Goncalo Oliveira | 2004 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'14''60 | 414 | | | |
50m 35.17 (35.17) 100m 1:14.60 (39.43) [1:14.60] |
| 14 | Goncalves Martim Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'34''11 | 206 | | | |
50m 44.69 (44.69) 100m 1:34.11 (49.42) [1:34.11] |
| | Filipe Jose Antonio | 2004 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | Squalificato | |
