| 1 | Bessa Antonio Rafael | 1994 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'59''20 | 535 |  |  | |
50m 28.22 (28.22) 100m 59.20 (30.98) [59.20] |
| 2 | Magalhaes Eduardo Miguel | 2002 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'00''45 | 503 | | | |
50m 28.31 (28.31) 100m 1:00.45 (32.14) [1:00.45] |
| 3 | Ribeiro Diogo Filipe | 2002 | POR Leixoes Sport Club | 01'00''90 | 492 | | | |
50m 28.55 (28.55) 100m 1:00.90 (32.35) [1:00.90] |
| 4 | Dias Ruben Fonseca | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'00''92 | 491 | | | |
50m 28.83 (28.83) 100m 1:00.92 (32.09) [1:00.92] |
| 5 | Borges David Costa | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''17 | 485 | | | |
50m 28.21 (28.21) 100m 1:01.17 (32.96) [1:01.17] |
| 6 | Costa Afonso Vilhena | 2004 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'01''25 | 483 | | | |
50m 28.72 (28.72) 100m 1:01.25 (32.53) [1:01.25] |
| 7 | Antunes Pedro Engracia | 2005 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'02''00 | 466 | | | |
50m 31.33 (31.33) 100m 1:02.00 (30.67) [1:02.00] |
| 8 | Araujo Joao Guilherme | 2003 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'02''23 | 461 | | | |
50m 29.37 (29.37) 100m 1:02.23 (32.86) [1:02.23] |
| 9 | Morim Pedro Soares | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 01'03''49 | 434 | | | |
50m 29.68 (29.68) 100m 1:03.49 (33.81) [1:03.49] |
| 10 | Moura Diogo Goncalves | 2002 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'05''95 | 387 | | | |
50m 30.48 (30.48) 100m 1:05.95 (35.47) [1:05.95] |
| 11 | Ferreira Goncalo Fernando | 1994 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'07''73 | 357 | | | |
50m 31.47 (31.47) 100m 1:07.73 (36.26) [1:07.73] |
| 12 | Santos Gabriel Moreira | 2004 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'08''06 | 352 | | | |
50m 30.91 (30.91) 100m 1:08.06 (37.15) [1:08.06] |
| 13 | Teles Antonio Carlos | 2004 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'09''33 | 333 | | | |
50m 32.37 (32.37) 100m 1:09.33 (36.96) [1:09.33] |
| 14 | Vale Henrique Santa | 2004 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'09''80 | 326 | | | |
50m 32.45 (32.45) 100m 1:09.80 (37.35) [1:09.80] |
| 15 | Goncalves Martim Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'21''67 | 204 | | | |
50m 36.30 (36.30) 100m 1:21.67 (45.37) [1:21.67] |
