| 1 | Da Costa Joao Nogueira | 2001 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 00'54''55 | 720 |  |  | |
50m 26.50 (26.50) 100m 54.55 (28.05) [54.55] |
| 2 | Zenza Francisco Manuel | 2001 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'59''48 | 555 | | | |
50m 28.66 (28.66) 100m 59.48 (30.82) [59.48] |
| 3 | Lourenco Tiago Campos | 2002 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'59''91 | 543 | | | |
50m 29.27 (29.27) 100m 59.91 (30.64) [59.91] |
| 4 | Peixoto Joao Freitas | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'00''93 | 516 | | | |
50m 30.35 (30.35) 100m 1:00.93 (30.58) [1:00.93] |
| 5 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'00''95 | 516 | | | |
50m 29.65 (29.65) 100m 1:00.95 (31.30) [1:00.95] |
| 6 | Kobayashi Bruno Shinji | 2002 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'02''54 | 478 | | | |
50m 30.37 (30.37) 100m 1:02.54 (32.17) [1:02.54] |
| 7 | Leal Dinis Barros | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'03''57 | 455 | | | |
50m 30.47 (30.47) 100m 1:03.57 (33.10) [1:03.57] |
| 8 | Pereira Tomas Coelho | 2005 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'03''62 | 454 | | | |
50m 31.36 (31.36) 100m 1:03.62 (32.26) [1:03.62] |
| 9 | Ferreira Nuno Filipe | 2000 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'03''64 | 453 | | | |
50m 30.77 (30.77) 100m 1:03.64 (32.87) [1:03.64] |
| 10 | Carvalho Tiago Fonseca | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 01'04''27 | 440 | | | |
50m 31.15 (31.15) 100m 1:04.27 (33.12) [1:04.27] |
| 11 | Lima Gaspar Pinheiro | 2004 | POR Leixoes Sport Club | 01'05''14 | 423 | | | |
50m 31.46 (31.46) 100m 1:05.14 (33.68) [1:05.14] |
| 12 | Gomes Joao Campelo | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'05''59 | 414 | | | |
50m 32.56 (32.56) 100m 1:05.59 (33.03) [1:05.59] |
| 13 | Moreira Joao Pedro | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'06''67 | 394 | | | |
50m 31.86 (31.86) 100m 1:06.67 (34.81) [1:06.67] |
| 14 | Goncalves Luis Antonio | 2004 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'10''98 | 326 | | | |
50m 34.37 (34.37) 100m 1:10.98 (36.61) [1:10.98] |
| 15 | Goncalves Manuel Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'14''06 | 287 | | | |
50m 35.45 (35.45) 100m 1:14.06 (38.61) [1:14.06] |
