| 1 | Santos Pedro Andre | 1994 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'55''51 | 706 |  |  | |
50m 26.06 (26.06) 100m 55.51 (29.45) [55.51] |
| 2 | Ramos Bruno Miguel | 1997 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'56''08 | 685 | | | |
50m 26.74 (26.74) 100m 56.08 (29.34) [56.08] |
| 3 | Vieira Francisco Ribeiro | 2004 | POR Associacao Ed. Fisica Desp. Torres Vedras | 00'56''20 | 681 | | | |
50m 26.67 (26.67) 100m 56.20 (29.53) [56.20] |
| 4 | Gordo Goncalo Morais | 2002 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 00'57''60 | 632 | | | |
50m 27.36 (27.36) 100m 57.60 (30.24) [57.60] |
| 5 | Simoes Bernardo Jorge | 2004 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 00'58''20 | 613 | | | |
50m 27.68 (27.68) 100m 58.20 (30.52) [58.20] |
| 6 | Mateus Diogo Garcez | 2002 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'58''61 | 600 | | | |
50m 27.26 (27.26) 100m 58.61 (31.35) [58.61] |
| 7 | Lopes Rodrigo Beja | 2003 | POR Palmela Desporto Eem | 00'59''19 | 583 | | | |
50m 26.22 (26.22) 100m 59.19 (32.97) [59.19] |
| 8 | Camoes Tiago Maria | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'59''56 | 572 | | | |
50m 27.69 (27.69) 100m 59.56 (31.87) [59.56] |
| 9 | Simoes Miguel Costa | 2004 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'59''85 | 564 | | | |
50m 27.67 (27.67) 100m 59.85 (32.18) [59.85] |
| 10 | Santos Goncalo Duarte | 2000 | POR Clube Oriental De Lisboa | 00'59''87 | 563 | | | |
50m 27.83 (27.83) 100m 59.87 (32.04) [59.87] |
| 11 | Duarte Dongrie De Carvalho Goncalo | 2005 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'01''56 | 518 | | | |
50m 28.56 (28.56) 100m 1:01.56 (33.00) [1:01.56] |
| 12 | Jacinto Rafael Rodrigues | 2002 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 01'01''73 | 514 | | | |
50m 28.76 (28.76) 100m 1:01.73 (32.97) [1:01.73] |
| 13 | Correia Luis Carlos | 2003 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'01''81 | 512 | | | |
50m 28.39 (28.39) 100m 1:01.81 (33.42) [1:01.81] |
| 14 | Soudo Alfredo Cabrita | 2005 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 01'01''94 | 508 | | | |
50m 28.82 (28.82) 100m 1:01.94 (33.12) [1:01.94] |
| 15 | Magalhaes Andre Filipe | 1998 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'02''10 | 504 | | | |
50m 28.46 (28.46) 100m 1:02.10 (33.64) [1:02.10] |
| 16 | Bras Rodrigo Martins | 2005 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 01'02''40 | 497 | | | |
50m 28.63 (28.63) 100m 1:02.40 (33.77) [1:02.40] |
| 17 | Teixeira Rodrigo Costa | 1999 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'03''20 | 479 | | | |
50m 29.14 (29.14) 100m 1:03.20 (34.06) [1:03.20] |
| 18 | Gracioso Goncalo Pereira | 2005 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'03''80 | 465 | | | |
50m 29.49 (29.49) 100m 1:03.80 (34.31) [1:03.80] |
| 19 | Cazeiro Daniel Filipe | 1997 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'04''87 | 442 | | | |
50m 30.30 (30.30) 100m 1:04.87 (34.57) [1:04.87] |
| 20 | Serra Joao Luis | 1997 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'06''51 | 410 | | | |
50m 30.18 (30.18) 100m 1:06.51 (36.33) [1:06.51] |
| 21 | Baraona Andre Azevedo | 2004 | POR Palmela Desporto Eem | 01'07''02 | 401 | | | |
50m 26.91 (26.91) 100m 1:07.02 (40.11) [1:07.02] |
| 22 | Marques Rodrigo Miguel | 2005 | POR Clube Nacional De Natacao | 01'07''28 | 397 | | | |
50m 30.74 (30.74) 100m 1:07.28 (36.54) [1:07.28] |
| | Ferreira Ricardo Pinela | 2001 | POR Sport Alges E Dafundo | Squalificato | |
