| 1 | Pereira Mario Alexandre | 1992 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'25''04 | 582 |
| 2 | Pereira Joao Neto | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'25''69 | 539 |
| 3 | Santos Rodrigo Ladeira | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'25''94 | 523 |
| 4 | Domingues Ricardo Jorge | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''01 | 519 |
| 5 | Gomes Goncalo Andre | 2003 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''02 | 518 |
| 6 | Pais Joao Ventura | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''14 | 511 |
| 7 | Marques Gustavo Pires | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''33 | 500 |
| 8 | Dias Joao Pedro | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''57 | 487 |
| 9 | Kulik Maxim | 1999 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'26''63 | 484 |
| 10 | Bras Alexandre Miguel | 2003 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'26''84 | 472 |
| 11 | Julio Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'26''93 | 468 |
| 12 | Diogo Dinis Miranda | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''99 | 465 |
| 13 | Santos Alberto Antonio | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'27''01 | 463 |
| 14 | Bastos Vasco Pereira | 2002 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'27''36 | 446 |
| 15 | Ventura Jose Miguel | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''41 | 443 |
| 16 | Dias Jose Diogo | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''62 | 433 |
| 17 | Antunes Andre Marques | 1999 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''64 | 432 |
| 18 | Centeio Fabio Mondego | 1994 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''71 | 429 |
| 19 | Antunes Jose Pedro | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''77 | 426 |
| 20 | Figueiredo Gustavo Pinto | 2002 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'27''78 | 426 |
| 21 | Marques Carlos Manuel | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''85 | 423 |
| | Campos Rafael Alves | 2004 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'27''85 | 423 |
| 23 | Santos Tomas Carvalho | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'27''96 | 418 |
| 24 | Oliveira Goncalo Daniel | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''99 | 416 |
| 25 | Lucas Francisco Alberto | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'28''09 | 412 |
| 26 | Rodrigues Filipe Almeida | 2001 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'28''28 | 404 |
| 27 | Cardoso Guilherme Maia | 2005 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'28''37 | 400 |
| 28 | Carvalho Diogo Rodrigues | 2005 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'28''46 | 396 |
| 29 | Rocha Jose Miguel | 2005 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'28''80 | 382 |
| 30 | Ramos Goncalo Soares | 2002 | POR Ginasio Clube Figueirense | 00'28''94 | 377 |
| 31 | Lourenco Goncalo Pires | 2003 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''99 | 375 |
| 32 | Agostinho Ricardo Luis | 1996 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''01 | 374 |
| | Santos Goncalo Carvalho | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'29''01 | 374 |
| 34 | Gaspar Filipe Apostolo | 2003 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 00'29''04 | 373 |
| 35 | Florido Pedro Miguel | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''19 | 367 |
| 36 | Oliveira Tomas Varanda | 2006 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'29''20 | 367 |
| 37 | Ventura Bernardo Jorge | 2003 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''44 | 358 |
| 38 | Laranjeira Tomas Alexandre | 2003 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'30''76 | 314 |
| 39 | Cruz Rodrigo Costa | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'30''82 | 312 |
| 40 | Liberal Afonso Bicas | 2005 | POR Sport Alges E Agueda | 00'30''87 | 310 |
| 41 | Marques Joao Ferreira | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'30''88 | 310 |
| 42 | Apostolo Gaspar Goncalo | 2006 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 00'31''23 | 300 |
| 43 | Teixeira Gabriel Cunha | 2006 | POR Sport Alges E Agueda | 00'31''24 | 299 |
| 44 | Gomes Jorge Miguel | 2005 | POR Ginasio Clube Figueirense | 00'31''46 | 293 |
| 45 | Neves Goncalo Dinis | 2007 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'31''55 | 291 |
| 46 | Silva Martim Alexandre | 2007 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'31''78 | 284 |
| 47 | Dias Diogo Simoes | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'31''98 | 279 |
| 48 | Mendes Tome Santiago | 2005 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'32''06 | 277 |
| 49 | Machado Joao Afonso | 2006 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'32''15 | 275 |
| 50 | Fernandes Goncalo Miranda | 2007 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'32''69 | 261 |
| 51 | Malhao Bernardo Almas | 2007 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'34''64 | 219 |
| 52 | Cunha Tiago Santos | 2005 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'35''74 | 200 |
| 53 | Neves Diogo Fonseca | 2006 | POR Sport Alges E Agueda | 00'36''42 | 189 |
| 54 | Ferreira Afonso Simoes | 2007 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'36''47 | 188 |
| 55 | Costeira Rascao Martim | 2005 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 00'37''41 | 174 |
| 56 | Pereira Joel Alexandre | 1992 | POR Assoc Paralisia Cerebral Coimbra | 00'45''97 | 94 |
| | Figueira David Costa | 2007 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | Squalificato | |
