| 1 | Pereira Mario Alexandre | 1992 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'26''12 | 619 |
| 2 | Veloso Tomas Miguel | 1996 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'26''93 | 565 |
| 3 | Diogo Dinis Miranda | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''70 | 519 |
| 4 | Lucas Francisco Alberto | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''91 | 508 |
| 5 | Oviedo Miguel Freitas | 2002 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'28''08 | 498 |
| 6 | Santos Rodrigo Ladeira | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''10 | 497 |
| 7 | Santos Alberto Antonio | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'28''19 | 493 |
| 8 | Pais Joao Ventura | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''46 | 479 |
| 9 | Marques Gustavo Pires | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''71 | 466 |
| 10 | Pereira Joao Neto | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''87 | 459 |
| 11 | Antunes Andre Marques | 1999 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''90 | 457 |
| 12 | Dias Joao Pedro | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''16 | 445 |
| 13 | Antunes Jose Pedro | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''31 | 438 |
| 14 | Ventura Jose Miguel | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''48 | 431 |
| 15 | Oliveira Tomas Varanda | 2006 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'29''63 | 424 |
| 16 | Julio Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''75 | 419 |
| 17 | Gaspar Miguel Caridade | 1999 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''79 | 417 |
| 18 | Dias Jose Diogo | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''84 | 415 |
| 19 | Marques Carlos Manuel | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'30''53 | 388 |
| 20 | Rocha Jose Miguel | 2005 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'30''71 | 381 |
| | Kulik Maxim | 1999 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'30''71 | 381 |
| 22 | Centeio Fabio Mondego | 1994 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'30''75 | 379 |
| 23 | Santos Tomas Carvalho | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'30''90 | 374 |
| 24 | Lourenco Goncalo Pires | 2003 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'31''26 | 361 |
| 25 | Santos Goncalo Carvalho | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'31''31 | 359 |
| 26 | Ventura Bernardo Jorge | 2003 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'31''34 | 358 |
| 27 | Agostinho Ricardo Luis | 1996 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'31''69 | 347 |
| 28 | Gaspar Filipe Apostolo | 2003 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 00'32''28 | 328 |
| 29 | Cardoso Guilherme Maia | 2005 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'32''31 | 327 |
| 30 | Rodrigues Filipe Almeida | 2001 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'32''46 | 322 |
| 31 | Grilo Afonso Corte Real | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'32''52 | 321 |
| 32 | Tomas Afonso Vidal | 2006 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'32''60 | 318 |
| 33 | Carvalho Ricardo Martins | 2003 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'33''37 | 297 |
| 34 | Ferreira Abel Renato | 2005 | POR Sport Alges E Agueda | 00'33''48 | 294 |
| 35 | Carvalho Diogo Rodrigues | 2005 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'33''60 | 291 |
| 36 | Mendes Edgar Tavares | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'34''12 | 278 |
| 37 | Cruz Rodrigo Costa | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'34''15 | 277 |
| 38 | Rodrigues Gustavo Silva | 2006 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'34''50 | 268 |
| 39 | Dias Diogo Simoes | 2005 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'35''48 | 247 |
| 40 | Pinheiro Miguel Joao | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'36''15 | 233 |
| 41 | Machado Joao Afonso | 2006 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 00'36''60 | 225 |
| 42 | Kamolov Daniel | 2007 | POR Sport Alges E Agueda | 00'43''13 | 137 |
| | Martins Henrique Ferreira | 2006 | POR Sport Alges E Agueda | Squalificato | |
