| 1 | Cernek Adam | 1999 | SVK Slovakia | 00'26''83 | 568 |
| 2 | Gemov Ondrej | 1999 | CZE Plavecky Klub Slavia Vs Plzen | 00'26''96 | 559 |
| 3 | Popelka Simon | 1999 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 00'27''00 | 557 |
| 4 | Pilek Adam | 1998 | SVK Stu Trnava | 00'27''56 | 524 |
| 5 | Hornak Adam | 2000 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 00'27''77 | 512 |
| | Peciar Tomas | 2002 | SVK Sportovy Klub Delfin Nitra | 00'27''77 | 512 |
| 7 | Jajcay Sebastian | 2000 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'28''13 | 492 |
| 8 | Topolsky Juraj | 2002 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 00'28''41 | 478 |
| 9 | Hrabovsky Alexander | 2001 | SVK Plavecky Klub Tenax Zilina | 00'28''43 | 477 |
| 10 | Kudla Patrik | 2003 | SVK Stu Trnava | 00'28''88 | 455 |
| 11 | Michlik Daniel | 2000 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 00'28''94 | 452 |
| 12 | Balaz Matej | 2002 | SVK Royal Plavecky Klub | 00'29''05 | 447 |
| 13 | Pitek Branislav | 2000 | SVK Plavecky Oddiel Spartak Myjava | 00'29''06 | 447 |
| 14 | Mozola Peter | 2003 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'29''52 | 426 |
| 15 | Porubec Urban | 2002 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 00'29''62 | 422 |
| 16 | Parizek Rudolf | 2001 | SVK Stu Trnava | 00'29''73 | 417 |
| 17 | Suchansky Simon Peter | 2005 | SVK SK Aquasport Levice | 00'30''16 | 399 |
| 18 | Beno Erik | 2002 | SVK Stu Trnava | 00'30''40 | 390 |
| 19 | Zakovic Jakub | 2002 | SVK Sportovy Klub Aquatics Nitra | 00'30''51 | 386 |
| 20 | Atovic Timotei | 2003 | SVK Sportovy Klub Pirana Topolcany | 00'30''61 | 382 |
| 21 | Budinsky Samuel | 2004 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'30''89 | 372 |
| 22 | Ertel David | 2003 | SVK Kp Aquacity Poprad | 00'30''97 | 369 |
| 23 | Bielik Ondrej | 2002 | SVK Sportovy Klub Delfin Nitra | 00'31''12 | 364 |
| 24 | Stern Jakub | 2003 | SVK Povazskobystricky Plavecky Oddiel | 00'31''20 | 361 |
| 25 | Visnovsky Adrian | 2003 | SVK Stu Trnava | 00'31''58 | 348 |
| 26 | Rigda Jakub | 2004 | SVK Kp Aquacity Poprad | 00'31''72 | 343 |
| 27 | Gajdos David | 2000 | SVK Plavecky Klub Orca Michalovce | 00'31''78 | 341 |
| 28 | Kosec Martin | 2003 | SVK Kp Aquacity Poprad | 00'32''07 | 332 |
| 29 | Cuda Jakub | 2004 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'32''08 | 332 |
| 30 | Vass Maxim | 2003 | SVK Kupele Piestany | 00'32''20 | 328 |
| 31 | Skodny Michal | 2003 | SVK Kupele Piestany | 00'32''87 | 308 |
| 32 | Van Wyk Daniel | 2006 | SVK Sportovy Klub Delfin Nitra | 00'32''89 | 308 |
| 33 | Gaspar Jan Juraj | 2004 | SVK Plavecky Oddiel Spartak Myjava | 00'34''21 | 274 |
| 34 | Drzik Matej | 2003 | SVK Piestansky Plavecky Klub | 00'34''27 | 272 |
| 35 | Masar Sebastian | 2005 | SVK Povazskobystricky Plavecky Oddiel | 00'34''39 | 269 |
| 36 | Kormanik Ondrej | 2004 | SVK Plavecky Oddiel Spartak Myjava | 00'34''56 | 265 |
| 37 | Bielik Adam | 2003 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'34''73 | 261 |
| 38 | Odler Adam | 2005 | SVK Royal Plavecky Klub | 00'34''88 | 258 |
| 39 | Jancek Martin | 2004 | SVK Kp Aquacity Poprad | 00'35''04 | 254 |
| 40 | Gavula Cyril | 2005 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'38''27 | 195 |
| 41 | Chorvat David | 2006 | SVK Vysokoskolsky Sportovy Klub Ftvs Uk Lafranconi | 00'38''83 | 187 |
