| 1 | De Matos Ribeiro Diogo | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 00'54''31 | 644 |
| 2 | Moita Goncalo Brites | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 00'57''52 | 542 |
| 3 | Dias Jose Diogo | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'57''58 | 540 |  |  | |
50m 28.06 (28.06) 100m 57.58 (29.52) [57.58] |
| 4 | Jesus Pedro Duarte | 2004 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'58''34 | 519 |
| 5 | Santos Rui Mamede | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 00'58''35 | 519 |
| 6 | Castanheira Guilherme Da Silva | 2004 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'59''08 | 500 |
| 7 | Antunes Joao Afonso | 2004 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'59''18 | 498 |
| 8 | Almeida Francisco Ferreira | 2004 | POR Sporting Clube De Espinho | 00'59''49 | 490 |
| 9 | Martins Alexandre Viegas | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 00'59''81 | 482 |
| 10 | Campos Rafael Alves | 2004 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'59''91 | 480 |
| 11 | Pinto Luis Pedro | 2004 | POR Sporting Clube De Aveiro | 01'00''16 | 474 |
| 12 | Cabral Rui Tomas | 2004 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'00''82 | 458 |
| 13 | Marques Vicente Cruzeiro | 2004 | POR Sporting Clube De Aveiro | 01'00''94 | 456 |
| 14 | Cardoso Lucas Pipiraite | 2004 | POR Clube Naval Da Nazare | 01'01''38 | 446 |
| 15 | Sousa Vasco Silva | 2004 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'01''84 | 436 |
| 16 | Oliveira Goncalo Daniel | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'02''31 | 426 |
| 17 | Aniceto Joao Gabriel | 2004 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'02''83 | 416 |
| 18 | Branco Rodrigo Figueiredo | 2004 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'03''18 | 409 |
| 19 | Marques Carlos Martins | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 01'03''26 | 407 |
| 20 | Carola Jose Pedro | 2004 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 01'03''98 | 394 |
| 21 | Rocha Joao Filipe | 2004 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'06''01 | 358 |
| 22 | Fernandes Daniel Jose | 2004 | POR Clube De Natacao De Alcobaca | 01'06''07 | 357 | | | |
50m 31.81 (31.81) 100m 1:06.07 (34.26) [1:06.07] |
| 23 | Costa Goncalo Filipe | 2004 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 01'06''81 | 346 |
| 24 | Silva Goncalo Antonio | 2004 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'07''27 | 339 |
| 25 | Miranda Paulo Andre | 2004 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'07''28 | 338 |
| 26 | Lomba Afonso Maia | 2004 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'07''73 | 332 |
| 27 | Ferreira Renato Maria | 2004 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 01'08''93 | 315 |
| 28 | Marques Tiago Oliveira | 2004 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'09''17 | 311 |
| 29 | Duarte Joao Diogo | 2004 | POR Centro Juvenil Salesiano De Arouca | 01'10''64 | 292 |
| 30 | Pires Ricardo Pereira | 2004 | POR Natacao Bombeiros Mealhada / Credito Agricola | 01'10''84 | 290 |
| 31 | Goncalves Leonardo Martins | 2004 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'11''36 | 284 |
| 32 | Lopes Goncalo Carneiro | 2004 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'11''58 | 281 |
| 33 | Marques Francisco Vital | 2004 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'28''06 | 151 | | | |
50m 41.19 (41.19) 100m 1:28.06 (46.87) [1:28.06] |
| | Reis Rodrigo Miguel | 2004 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | Squalificato | |
