| 1 | Pinho Manuel Antonio | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'54''65 | 632 |
| 2 | Jose Diogo Coelho | 2001 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'55''54 | 602 |  |  | |
50m 26.48 (26.48) 100m 55.54 (29.06) [55.54] |
| 3 | Pereira Joao Neto | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'55''66 | 598 |
| 4 | Carola Hugo Filipe | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'55''87 | 591 |
| 5 | Machado Ricardo Marques | 2002 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 00'55''92 | 590 |
| 6 | Fidalgo Mateus Valente | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'56''28 | 579 |
| 7 | Oliveira David Miguel | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'56''65 | 567 |
| 8 | Travassos Rodrigo Alexandre | 2002 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'56''66 | 567 |
| 9 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'56''75 | 564 |
| 10 | Silva Henrique Gomes | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 00'56''78 | 563 |
| 11 | Bastos Vasco Pereira | 2002 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'56''96 | 558 | | | |
50m 27.60 (27.60) 100m 56.96 (29.36) [56.96] |
| 12 | Sousa Nuno Alexandre | 2002 | POR Clube Assoc Cult Rec Trab Camara De Vouzela | 00'57''54 | 541 | | | |
50m 26.96 (26.96) 100m 57.54 (30.58) [57.54] |
| 13 | Julio Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'57''70 | 537 |
| 14 | Jorge Duarte Miguel | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'57''90 | 531 |
| 15 | Mendes Francisco Miguel | 2001 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'58''04 | 527 | | | |
50m 27.62 (27.62) 100m 58.04 (30.42) [58.04] |
| 16 | Klier Afonso Miguel | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'58''83 | 506 |
| 17 | Santos Guilherme Clara | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 00'58''91 | 504 |
| 18 | Oliveira Gil Diogo | 2001 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'58''95 | 503 |
| 19 | Santos Luis Filipe | 2001 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 00'58''96 | 503 |
| 20 | Silva Miguel Vicente | 2002 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 00'59''00 | 502 |
| 21 | Gomes Rodrigo Guedes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'59''06 | 501 |
| 22 | Cerdeirinha Xavier Gomes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'59''31 | 494 |
| 23 | Oviedo Miguel Freitas | 2002 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'59''34 | 494 |
| 24 | Santos Alberto Antonio | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'59''43 | 491 |
| 25 | Breda Diogo Luis | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'59''90 | 480 |
| 26 | Tavares Licinio Silva | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 01'00''09 | 475 |
| 27 | Figueiredo Gustavo Pinto | 2002 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 01'00''32 | 470 | | | |
50m 29.13 (29.13) 100m 1:00.32 (31.19) [1:00.32] |
| 28 | Pinho Duarte Sa | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'00''41 | 468 |
| 29 | Cordeiro Claudio Rafael | 2002 | POR Individual - Anic | 01'00''75 | 460 |
| 30 | Sousa Duarte Anastacio | 2002 | POR Clube Uniao 1919 | 01'01''09 | 452 |
| 31 | Pisco Diogo Miguel | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 01'01''81 | 437 |
| 32 | Almeida Marco Andre | 2002 | POR Natacao Bombeiros Mealhada / Credito Agricola | 01'01''82 | 436 |
| 33 | Martins David Almeida | 2001 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'02''26 | 427 |
| 34 | Rodrigues Filipe Almeida | 2001 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 01'03''14 | 410 | | | |
50m 30.26 (30.26) 100m 1:03.14 (32.88) [1:03.14] |
| 35 | Figueira Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'03''52 | 402 |
| 36 | Tavares Bernardo Lopes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'03''83 | 396 |
| 37 | Rainho David Andrade | 2001 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'04''77 | 379 | | | |
50m 30.34 (30.34) 100m 1:04.77 (34.43) [1:04.77] |
| 38 | Frois Manuel Maria | 2002 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'04''82 | 379 |
| 39 | Ramos Goncalo Soares | 2002 | POR Ginasio Clube Figueirense | 01'05''50 | 367 | | | |
50m 30.97 (30.97) 100m 1:05.50 (34.53) [1:05.50] |
| 40 | Leao Goncalo Graca | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'06''02 | 358 |
| 41 | Marques Miguel Coimbra | 2002 | POR Assoc Educacao Fisica E Desp De Tondela | 01'06''32 | 353 | | | |
50m 30.42 (30.42) 100m 1:06.32 (35.90) [1:06.32] |
| 42 | Silva Jose Miguel | 2002 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'06''58 | 349 | | | |
50m 32.48 (32.48) 100m 1:06.58 (34.10) [1:06.58] |
| 43 | Moreira Vitor Hugo | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'06''62 | 349 |
| 44 | Carvalho Gabriel Pereira | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'07''67 | 333 |
