| 1 | Machado Tiago Andrade | 2002 | POR Sporting Clube De Aveiro | 00'24''30 | 637 |
| 2 | Pinho Manuel Antonio | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'25''20 | 571 |
| 3 | Fidalgo Mateus Valente | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'25''33 | 562 |
| 4 | Silva Miguel Vicente | 2002 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 00'25''36 | 560 |
| 5 | Carola Hugo Filipe | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'25''52 | 550 |
| 6 | Machado Ricardo Marques | 2002 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 00'25''62 | 543 |
| 7 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'25''69 | 539 |
| 8 | Pereira Joao Neto | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'25''81 | 531 |
| 9 | Relvas David Ferreira | 2003 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 00'26''01 | 519 |
| 10 | Oliveira David Miguel | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'26''14 | 511 |
| 11 | Travassos Rodrigo Alexandre | 2002 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'26''22 | 507 |
| 12 | Jorge Duarte Miguel | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'26''24 | 506 |
| 13 | Miguel Tomas Pedrosa | 2002 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'26''29 | 503 |
| 14 | Silva Luis Afonso | 2002 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'26''41 | 496 |
| 15 | Alves Joao Brandao | 2003 | POR Centro Juvenil Salesiano De Arouca | 00'26''45 | 494 |
| 16 | Jose Diogo Coelho | 2001 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'26''57 | 487 |
| 17 | Simoes Manuel Baptista | 2003 | POR Clube Uniao 1919 | 00'26''65 | 483 |
| 18 | Santos Alberto Antonio | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'26''67 | 481 |
| 19 | Julio Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'26''72 | 479 |
| 20 | Matos Diogo Ribas | 2002 | POR Sport Alges E Agueda | 00'26''81 | 474 |
| 21 | Mendes Francisco Miguel | 2001 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'26''84 | 472 |
| 22 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 00'26''91 | 469 |
| 23 | Santos Guilherme Clara | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 00'26''96 | 466 |
| 24 | Gomes Goncalo Andre | 2003 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'26''97 | 466 |
| 25 | Pereira Bernardo Sousa | 2001 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 00'26''98 | 465 |
| 26 | Oviedo Miguel Freitas | 2002 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''04 | 462 |
| 27 | Pisco Diogo Miguel | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'27''21 | 453 |
| 28 | Gomes Rodrigo Guedes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'27''27 | 450 |
| 29 | Cordeiro Claudio Rafael | 2002 | POR Individual - Anic | 00'27''28 | 450 |
| 30 | Breda Diogo Luis | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''35 | 446 |
| 31 | Tavares Licinio Silva | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'27''43 | 442 |
| 32 | Marques Vicente Cruzeiro | 2004 | POR Sporting Clube De Aveiro | 00'27''49 | 440 |
| 33 | Campos Rafael Alves | 2004 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'27''55 | 437 |
| 34 | Tavares Bernardo Lopes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'27''63 | 433 |
| 35 | Sousa Duarte Anastacio | 2002 | POR Clube Uniao 1919 | 00'27''66 | 432 |
| | Almeida Marco Andre | 2002 | POR Natacao Bombeiros Mealhada / Credito Agricola | 00'27''66 | 432 |
| 37 | Ferreira Joao Renato | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'27''69 | 430 |
| 38 | Cardoso Joao Francisco | 2003 | POR Individual Ancnp | 00'27''80 | 425 |
| 39 | Moco Pedro Ribeiro | 2002 | POR Clube Natacao De Vagos | 00'27''90 | 420 |
| 40 | Martins David Almeida | 2001 | POR Associacao Estamos Juntos | 00'28''02 | 415 |
| 41 | Figueiredo Gustavo Pinto | 2002 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'28''08 | 412 |
| | Figueira Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'28''08 | 412 |
| 43 | Frois Manuel Maria | 2002 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'28''26 | 405 |
| 44 | Coelho Joao Salvador | 2003 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'28''55 | 392 |
| 45 | Solodyuk Micael Kovalchuk | 2003 | POR Clube Natacao De Vagos | 00'28''74 | 385 |
| 46 | Sa Rafael Domingues | 2003 | POR Clube Natacao De Vagos | 00'28''75 | 384 |
| 47 | Ventura Bernardo Jorge | 2003 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'28''79 | 383 |
| 48 | Martins Leandro Caleiro | 2002 | POR Sport Alges E Agueda | 00'28''86 | 380 |
| 49 | Oliveira Goncalo Daniel | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''97 | 376 |
| | Anastacio Alexandre Quiterio | 2001 | POR Benedita Sport Club Natacao | 00'28''97 | 376 |
| 51 | Marques Miguel Coimbra | 2002 | POR Assoc Educacao Fisica E Desp De Tondela | 00'28''99 | 375 |
| 52 | Florido Pedro Miguel | 2004 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''00 | 374 |
| 53 | Rodrigues Filipe Almeida | 2001 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 00'29''29 | 363 |
| 54 | Carvalho Gabriel Pereira | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'29''41 | 359 |
| | Soares Duarte Almeida | 2001 | POR Clube Desportivo De Campinho | 00'29''41 | 359 |
| 56 | Ramos Goncalo Soares | 2002 | POR Ginasio Clube Figueirense | 00'29''67 | 350 |
| 57 | Rocha Joao Filipe | 2004 | POR Sporting Clube De Espinho | 00'29''72 | 348 |
| 58 | Leao Goncalo Graca | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 00'29''74 | 347 |
| 59 | Moreira Vitor Hugo | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'29''93 | 340 |
| 60 | Miranda Paulo Andre | 2004 | POR Sporting Clube De Espinho | 00'29''98 | 339 |
| 61 | Laranjeira Tomas Alexandre | 2003 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'30''17 | 332 |
| 62 | Silva Jose Miguel | 2002 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'30''46 | 323 |
