| 1 | Almeida Lopes Gabriel Jose | 1997 | POR Seleccao Da Assoc Natacao De Coimbra | 00'55''29 | 824 |  |  | |
50m 26.78 (26.78) 100m 55.29 (28.51) [55.29] |
| 2 | Kot Viktor | 1998 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 00'57''77 | 723 | | | |
50m 28.01 (28.01) 100m 57.77 (29.76) [57.77] |
| 3 | Santos Francisco Rogerio | 1998 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'58''83 | 684 | | | |
50m 27.88 (27.88) 100m 58.83 (30.95) [58.83] |
| 4 | Ramos Bruno Miguel | 1997 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'59''21 | 671 | | | |
50m 28.90 (28.90) 100m 59.21 (30.31) [59.21] |
| 5 | Rosa Rodrigo Antonio | 1996 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'59''97 | 646 | | | |
50m 29.13 (29.13) 100m 59.97 (30.84) [59.97] |
| 6 | Santos Costa Diogo | 2002 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 01'00''16 | 640 | | | |
50m 29.14 (29.14) 100m 1:00.16 (31.02) [1:00.16] |
| 7 | Gourley Lorcan | 2001 | IRL Larne Swimming Club | 01'00''33 | 634 | | | |
50m 28.98 (28.98) 100m 1:00.33 (31.35) [1:00.33] |
| 8 | Silva Ricardo Lopes | 2003 | POR Portugal | 01'00''53 | 628 | | | |
50m 29.19 (29.19) 100m 1:00.53 (31.34) [1:00.53] |
| 9 | Dias Guilherme Pereira | 1997 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'01''08 | 611 | | | |
50m 29.80 (29.80) 100m 1:01.08 (31.28) [1:01.08] |
| 10 | Alfama Martim Primavera | 2002 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'01''27 | 606 | | | |
50m 29.70 (29.70) 100m 1:01.27 (31.57) [1:01.27] |
| 11 | Pires Ricardo Saraiva | 1998 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'01''29 | 605 | | | |
50m 29.89 (29.89) 100m 1:01.29 (31.40) [1:01.29] |
| 12 | Fernandes Joao Diogo | 1998 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 01'01''52 | 598 | | | |
50m 30.22 (30.22) 100m 1:01.52 (31.30) [1:01.52] |
| 13 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Seleccao Da Assoc Natacao De Coimbra | 01'01''89 | 588 | | | |
50m 30.37 (30.37) 100m 1:01.89 (31.52) [1:01.89] |
| 14 | Almeida Carlos Afonso | 1998 | POR Sport Alges E Dafundo | 01'02''06 | 583 | | | |
50m 30.23 (30.23) 100m 1:02.06 (31.83) [1:02.06] |
| 15 | Bate Miguel Ribeiro | 1999 | POR Sport Alges E Dafundo | 01'02''44 | 572 | | | |
50m 30.26 (30.26) 100m 1:02.44 (32.18) [1:02.44] |
| 16 | Zinca Andrei Iulian | 2000 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 01'03''22 | 551 | | | |
50m 30.86 (30.86) 100m 1:03.22 (32.36) [1:03.22] |
| 17 | Jaenes Daniel Sanchez | 1997 | POR Louletano Desportos Clube | 01'03''33 | 548 | | | |
50m 30.61 (30.61) 100m 1:03.33 (32.72) [1:03.33] |
| 18 | Joaquim Andre Serro | 2000 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'03''60 | 541 | | | |
50m 30.83 (30.83) 100m 1:03.60 (32.77) [1:03.60] |
| 19 | Hadzhilar Soner Tunay | 1993 | POR Clube Natacao De Olhao | 01'03''81 | 536 | | | |
50m 30.34 (30.34) 100m 1:03.81 (33.47) [1:03.81] |
| 20 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Portugal | 01'03''98 | 532 | | | |
50m 31.33 (31.33) 100m 1:03.98 (32.65) [1:03.98] |
