| 1 | Schilling Leonardo Andre | 1993 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'22''80 | 771 |
| 2 | Nascimento Miguel Duarte | 1995 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'22''98 | 753 |
| 3 | Madureira Gustavo Almeida | 1994 | POR Seleccao Da Assoc Natacao De Coimbra | 00'23''42 | 711 |
| 4 | Dias Guilherme Pereira | 1997 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'23''58 | 697 |
| 5 | Machado Joao Daniel | 1999 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'23''93 | 667 |
| 6 | Pedro Daniel Rochinha | 1998 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 00'23''97 | 663 |
| 7 | Santos Joao Duarte | 1995 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'24''18 | 646 |
| 8 | Machado Francisco Carvalho | 1998 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'24''41 | 628 |
| 9 | Mogne Igor Araujo | 1996 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'24''43 | 627 |
| 10 | Trygvason Rokur | 2000 | FAR Aegir Klaksvik | 00'24''45 | 625 |
| 11 | Da Cunha Costa Tiago | 1999 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'24''68 | 608 |
| 12 | Weustink Koen | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'24''80 | 599 |
| 13 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Portugal | 00'24''82 | 597 |
| 14 | Vakulyuk Paulo | 2003 | POR Portugal | 00'24''93 | 590 |
| 15 | Marques Miguel Henriques | 2000 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'25''09 | 578 |
| 16 | Ramos Lebre Diogo | 2001 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'25''14 | 575 |
| 17 | Lopes David Granja | 1990 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'25''18 | 572 |
| 18 | Carvalho Ruben Paiva | 1994 | POR Seleccao Da Assoc Natacao De Coimbra | 00'25''47 | 553 |
| 19 | Gomes Rodrigo Ribeiro | 2000 | POR Seleccao Da Assoc Natacao De Coimbra | 00'25''61 | 544 |
| | Agostinho Miguel Diogo | 2000 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'25''61 | 544 |
