| 1 | Souza Da Silva Fernando | 1986 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'53''72 | 716 |  |  | |
50m 24.97 (24.97) 100m 53.72 (28.75) [53.72] |
| 2 | Balaguer Umsari Daniel | 1994 | POR Louletano Desportos Clube | 00'55''58 | 647 | | | |
50m 26.11 (26.11) 100m 55.58 (29.47) [55.58] |
| 3 | Kot Viktor | 1998 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 00'55''99 | 633 | | | |
50m 26.68 (26.68) 100m 55.99 (29.31) [55.99] |
| 4 | Lopes Tomas Teixeira | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'56''72 | 609 | | | |
50m 26.19 (26.19) 100m 56.72 (30.53) [56.72] |
| 5 | Goncalves Da Graca Nuno Miguel | 1998 | POR Escola Desportiva De Viana | 00'56''82 | 605 | | | |
50m 26.27 (26.27) 100m 56.82 (30.55) [56.82] |
| 6 | Clemente Bernardo Santos | 1998 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'57''14 | 595 | | | |
50m 26.53 (26.53) 100m 57.14 (30.61) [57.14] |
| 7 | Gomes Claudio Miguel | 1995 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'58''07 | 567 | | | |
50m 26.56 (26.56) 100m 58.07 (31.51) [58.07] |
| 8 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'58''13 | 565 | | | |
50m 27.19 (27.19) 100m 58.13 (30.94) [58.13] |
| 9 | Diogo Miguel Monteiro | 1993 | POR Clube De Natacao De Alcobaca | 00'58''54 | 554 | | | |
50m 27.25 (27.25) 100m 58.54 (31.29) [58.54] |
| 10 | Lourenco Tiago Campos | 2002 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'58''57 | 553 | | | |
50m 27.11 (27.11) 100m 58.57 (31.46) [58.57] |
| 11 | Santos Nuno Goncalo | 1996 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'58''69 | 549 | | | |
50m 26.76 (26.76) 100m 58.69 (31.93) [58.69] |
| 12 | Luz Jose Henriques | 1999 | POR Clube De Natacao De Torres Novas | 00'58''72 | 548 | | | |
50m 27.81 (27.81) 100m 58.72 (30.91) [58.72] |
| 13 | Sergio Miguel Bras | 1995 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 00'58''73 | 548 | | | |
50m 27.04 (27.04) 100m 58.73 (31.69) [58.73] |
| 14 | Machado Sebastiao Amaro | 1993 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'59''03 | 540 | | | |
50m 26.69 (26.69) 100m 59.03 (32.34) [59.03] |
| 15 | Ferreira Joao Miguel | 1997 | POR Sporting Clube De Aveiro | 00'59''11 | 538 | | | |
50m 27.32 (27.32) 100m 59.11 (31.79) [59.11] |
| 16 | Luz Filipe Ferreira | 1998 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 00'59''34 | 531 | | | |
50m 27.48 (27.48) 100m 59.34 (31.86) [59.34] |
| 17 | Domingues Ricardo Jorge | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'59''48 | 528 | | | |
50m 26.99 (26.99) 100m 59.48 (32.49) [59.48] |
| 18 | Afonseca Andre Filipe | 1998 | POR Amigos Montanha-Assoc Montanhismo Barcelinhos | 01'00''42 | 503 | | | |
50m 27.88 (27.88) 100m 1:00.42 (32.54) [1:00.42] |
| 19 | Leal Dinis Barros | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'00''50 | 501 | | | |
50m 28.02 (28.02) 100m 1:00.50 (32.48) [1:00.50] |
| 20 | Oliveira Rui Goncalves | 1993 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'00''65 | 498 | | | |
50m 27.96 (27.96) 100m 1:00.65 (32.69) [1:00.65] |
| 21 | Estevens Ricardo Nuno | 1999 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 01'01''60 | 475 | | | |
50m 28.25 (28.25) 100m 1:01.60 (33.35) [1:01.60] |
| 22 | Jorge Tiago Miguel | 2003 | POR Clube Natacao De Rio Maior | 01'03''79 | 428 | | | |
50m 29.53 (29.53) 100m 1:03.79 (34.26) [1:03.79] |
| 23 | Ferreira Antonio Maria | 2000 | POR Palmela Desporto Eem | 01'04''10 | 422 | | | |
50m 28.63 (28.63) 100m 1:04.10 (35.47) [1:04.10] |
| 24 | Freitas Francisco Maldonado | 1991 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'06''60 | 376 | | | |
50m 30.51 (30.51) 100m 1:06.60 (36.09) [1:06.60] |
