| 1 | Teodoro Diogo Filipe | 1999 | POR Individual Annp | 02'27''18 | 637 |
| 2 | Vieira Hugo Azurara | 2001 | POR Clube Naval Povoense | 02'37''97 | 515 |
| 3 | Silva Daniel Pereira | 2000 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'39''95 | 496 |
| 4 | Mendes Diogo Santos | 2002 | POR Leixoes Sport Club | 02'40''65 | 490 |
| 5 | Freitas Jose Pedro | 2000 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'41''26 | 484 |
| 6 | Sousa Jose Moreira | 2001 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'41''91 | 478 |
| 7 | Santos Pedro Miguel | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'42''23 | 476 |
| 8 | Peixoto Joao Freitas | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 02'43''88 | 461 |
| 9 | Araujo Sergio Daniel | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 02'44''03 | 460 |
| 10 | Faia Mateus Costa | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'44''38 | 457 |
| 11 | Magalhaes Vitor Pedro | 2002 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'44''46 | 456 |
| 12 | Maia Bruno Miguel | 2001 | POR Clube Propaganda Da Natacao | 02'44''66 | 455 |
| 13 | Moura Diogo Goncalves | 2002 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 02'44''77 | 454 |
| 14 | Pereira Luis Goncalves | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'46''08 | 443 |
| 15 | Ferreira Joao Carlos | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'46''11 | 443 |
| 16 | Silva Rui Pedro | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'46''47 | 440 |
| 17 | Carneiro Joao Torres | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'46''92 | 437 |
| 18 | Castro Helder Ribeiro | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'48''30 | 426 |
| 19 | Neto Rodrigo Jorge | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'50''48 | 410 |
| 20 | Ferreira Hugo Correia | 2002 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'51''67 | 401 |
| 21 | Ferreira Tomas Ribeiro | 2001 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 02'52''17 | 398 |
| 22 | Pacheco Jose Diogo | 2002 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'53''69 | 387 |
| 23 | Silva Ruben Filipe | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'54''71 | 381 |
| 24 | Vilaca Joao Pedro | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 02'57''38 | 364 |
| 25 | Baptista Coelho Alex | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 03'05''09 | 320 |
| 26 | Ribeiro Joao Afonso | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'05''59 | 317 |
| 27 | Mendes David Oliveira | 2002 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 03'11''25 | 290 |
| | Melo Joao Sa | 2001 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | Squalificato | |
