| 1 | Pucek Richard | 2006 | SVK PK Martin | 02'53''04 | 392 |
| 2 | Luksaj Dominik | 2006 | SVK Plavecky Klub Chemes Humenne | 02'53''15 | 391 |
| 3 | Coddington Mark | 2006 | SVK Royal Plavecky Klub | 02'56''94 | 366 |
| 4 | Relovsky Bruno | 2006 | SVK Plavecky Klub Sportove Gymnazium Nitra | 03'02''85 | 332 |
| 5 | Palkovic Jakub | 2006 | SVK Stu Trnava | 03'03''95 | 326 |
| 6 | Kozuskanic Alex | 2006 | SVK Mestsky Plavecky Klub Delfin Liptovsky Mikulas | 03'04''50 | 323 |
| 7 | Brhlik Hugo Marko | 2006 | SVK Sportovy Klub Univerzita Mateja Bela Banska Bystrica | 03'11''03 | 291 |
| 8 | Hrivnak Ismael | 2006 | SVK Xbs Swimming | 03'11''33 | 290 |
| 9 | Salay Peter | 2006 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 03'11''52 | 289 |
| 10 | Plesko Jakub | 2006 | SVK Povazskobystricky Plavecky Oddiel | 03'12''16 | 286 |
| 11 | Gabriel Jakub | 2006 | SVK Stu Trnava | 03'13''02 | 282 |
| 12 | Kiac Samuel | 2006 | SVK Telovychovna Jednota Dunaj Sturovo | 03'13''48 | 280 |
| 13 | Jakubec Jakub | 2006 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 03'14''45 | 276 |
| 14 | Nadassky Jakub | 2006 | SVK Stu Trnava | 03'22''60 | 244 |
| 15 | Cech Dalibor Jozef | 2006 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 03'23''72 | 240 |
| 16 | Kuban Michal | 2006 | SVK Xbs Swimming | 03'23''77 | 240 |
| 17 | Sedlak Samuel | 2006 | SVK Plavecky Klub Orca Bratislava | 03'24''21 | 238 |
| 18 | Maruniak Patrik | 2006 | SVK PO TJ Sitno Banska Stiavnica | 03'25''25 | 235 |
| 19 | Spek Samuel | 2006 | SVK Plavecky Klub Nove Zamky | 03'25''54 | 234 |
| 20 | Farkas Alexander Xavier | 2006 | SVK Plavecky Klub Azeta | 03'26''86 | 229 |
| 21 | Pekarcik Maximilian | 2006 | SVK Stu Trnava | 03'27''36 | 227 |
| 22 | Suska Matej | 2006 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 03'27''57 | 227 |
| 23 | Mesaros Matus | 2006 | SVK Plavecky Oddiel Umb Banska Bystrica | 03'32''48 | 211 |
| 24 | Stanik Adrian | 2006 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 03'33''02 | 210 |
| 25 | Novy Adam | 2006 | SVK Klub Plaveckych Sportov Nereus Zilina | 03'33''32 | 209 |
| 26 | Ilkanic Tomas | 2006 | SVK Sportovy Klub Univerzita Mateja Bela Banska Bystrica | 03'36''39 | 200 |
| 27 | Vrab Matus | 2006 | SVK Xbs Swimming | 03'39''16 | 193 |
| 28 | Vislocky Gabriel | 2006 | SVK Sportovy Plavecky Klub Policie Pezinok | 03'43''47 | 182 |
| 29 | Liptak Adam | 2006 | SVK Royal Plavecky Klub | 03'47''33 | 173 |
| 30 | Francisci Alex | 2006 | SVK Plavecky Klub Nove Zamky | 03'49''55 | 168 |
