| 1 | Madureira Gustavo Almeida | 1994 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'25''95 | 645 |
| 2 | Beltran Cabedo Pau | 1993 | ESP Federacion Castilla La Mancha | 00'26''10 | 634 |
| 3 | Lopes David Granja | 1990 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'26''24 | 624 |
| | Souza Da Silva Fernando | 1986 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'26''24 | 624 |
| 5 | Yelistratkin Illya | 1996 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'26''31 | 619 |
| 6 | Clemente Bernardo Santos | 1998 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'26''45 | 609 |
| 7 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'26''72 | 591 |
| 8 | Marques Diogo Puidival | 2000 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'26''76 | 588 |
| 9 | Simoes Manuel Baptista | 2003 | POR Clube Uniao 1919 | 00'26''77 | 588 |
| 10 | Valentin Olivares Pablo | 2001 | ESP Federacion Castilla La Mancha | 00'26''91 | 579 |
| 11 | Lopes Carlos Filipe | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'26''92 | 578 |
| 12 | Cunha Jose Miguel | 2001 | POR Individual Coimbra | 00'26''96 | 575 |
| 13 | Carola Hugo Filipe | 2001 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'26''97 | 575 |
| 14 | Lucas Joao Filipe | 1994 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''10 | 566 |
| 15 | Gouveia Pedro Galvao | 1999 | POR Seleccao Da Madeira | 00'27''12 | 565 |
| 16 | Santos Nuno Goncalo | 1996 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'27''18 | 562 |
| 17 | Domingues Ricardo Jorge | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'27''22 | 559 |
| 18 | Paquete Goncalo Manuel | 1999 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'27''23 | 558 |
| | Santos Costa Diogo | 2002 | POR Portugal | 00'27''23 | 558 |
| | Capitao Simao Miguel | 1997 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'27''23 | 558 |
| 21 | Neves Joao Andre | 1995 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''27 | 556 |
| 22 | Nova Tiago Vila | 2000 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'27''32 | 553 |
| 23 | Lopes Tomas Teixeira | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'27''35 | 551 |
| | De Matos Ribeiro Diogo | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 00'27''35 | 551 |
| 25 | Aguiar Gabriel Silva | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'27''43 | 546 |
| 26 | Rola Nuno Miguel | 1983 | ANG Angola | 00'27''44 | 546 |
| 27 | Oliveira Luis Carlos | 1997 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'27''47 | 544 |
| 28 | Sousa Joao Ribeiro | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'27''56 | 539 |
| 29 | Coxixo Tomas Da Silva | 1999 | POR Palmela Desporto Eem | 00'27''62 | 535 |
| 30 | Ribeiro Ivo Pinto | 1997 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'27''67 | 532 |
| 31 | Costa Pedro Francisco | 2001 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'27''71 | 530 |
| 32 | Gomes Rodrigo Ribeiro | 2000 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'27''81 | 524 |
| 33 | Camoes Tiago Maria | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'27''92 | 518 |
| 34 | Goncalves Francisco Xavier | 1997 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'28''01 | 513 |
| 35 | Marques Diogo Manuel | 1998 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'28''03 | 512 |
| 36 | Lopes Rui Jorge | 2000 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 00'28''13 | 506 |
| 37 | Leitao Ruben Andre Duarte | 1998 | POR Palmela Desporto Eem | 00'28''19 | 503 |
| 38 | Agostinho Miguel Diogo | 2000 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'28''29 | 498 |
| 39 | Oliveira Manuel Filipe | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'28''30 | 497 |
| 40 | Lucas Francisco Alberto | 2000 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'28''39 | 493 |
| 41 | Silva Rodrigo Reis | 1998 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'28''42 | 491 |
| 42 | Kondratenko Antonio | 2001 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'28''58 | 483 |
| 43 | Rosa Joao Pedro | 1990 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 00'28''72 | 476 |
| 44 | Ventura Jose Miguel | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''42 | 443 |
| 45 | Pimentel Alfredo Eugenio | 2000 | POR Clube De Natacao Do Litoral Alentejano | 00'29''59 | 435 |
| 46 | Julio Gabriel Jose | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''61 | 434 |
| 47 | Diogo Dinis Miranda | 2004 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'29''78 | 427 |
| 48 | Kulik Maxim | 1999 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'29''98 | 418 |
| 49 | Vieira Eduardo Gabriel | 2005 | POR Hoquei Clube Mealhada/Credito Agricola | 00'30''76 | 387 |
