| 1 | Ribeiro Pereira Luiz Pedro | 1991 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'54''00 | 785 |  |  | |
50m 25.30 (25.30) 100m 54.00 (28.70) [54.00] |
| 2 | Quintanilha Nuno Goncalo | 1987 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'54''45 | 765 | | | |
50m 25.48 (25.48) 100m 54.45 (28.97) [54.45] |
| 3 | Nascimento Miguel Duarte | 1995 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'55''21 | 734 | | | |
50m 25.77 (25.77) 100m 55.21 (29.44) [55.21] |
| 4 | Carvalho Diogo Filipe | 1988 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'55''24 | 733 | | | |
50m 26.06 (26.06) 100m 55.24 (29.18) [55.24] |
| 5 | Mogne Igor Araujo | 1996 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'55''33 | 730 | | | |
50m 25.44 (25.44) 100m 55.33 (29.89) [55.33] |
| 6 | Santos Pedro Andre | 1994 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'55''37 | 728 | | | |
50m 25.99 (25.99) 100m 55.37 (29.38) [55.37] |
| 7 | Bonel Antonyn Lilian | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'57''31 | 656 | | | |
50m 26.50 (26.50) 100m 57.31 (30.81) [57.31] |
| 8 | Carvalho Mateus Ribeiro | 1999 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'57''52 | 649 | | | |
50m 26.93 (26.93) 100m 57.52 (30.59) [57.52] |
| 9 | Silva Joao Carlos | 1998 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'57''53 | 649 | | | |
50m 26.93 (26.93) 100m 57.53 (30.60) [57.53] |
| 10 | Lino Rafael | 1999 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'57''85 | 638 | | | |
50m 26.41 (26.41) 100m 57.85 (31.44) [57.85] |
| 11 | Antunes De Carvalho Andre | 1996 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 00'57''97 | 634 | | | |
50m 27.50 (27.50) 100m 57.97 (30.47) [57.97] |
| 12 | Albuquerque Rodrigo Carlos | 1997 | POR Sporting Clube De Braga | 00'58''57 | 615 | | | |
50m 26.64 (26.64) 100m 58.57 (31.93) [58.57] |
| 13 | Ferreira Ricardo Pinela | 2001 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'58''63 | 613 | | | |
50m 27.11 (27.11) 100m 58.63 (31.52) [58.63] |
| 14 | Camoes Tiago Maria | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'58''89 | 605 | | | |
50m 27.87 (27.87) 100m 58.89 (31.02) [58.89] |
| 15 | Correia Diogo Carrasco | 1995 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'59''12 | 598 | | | |
50m 27.34 (27.34) 100m 59.12 (31.78) [59.12] |
| 16 | Fernandes Jose Pedro | 1999 | POR Sporting Clube De Braga | 00'59''49 | 587 | | | |
50m 27.53 (27.53) 100m 59.49 (31.96) [59.49] |
| 17 | Dantas Diogo Leal | 2000 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'59''56 | 585 | | | |
50m 27.06 (27.06) 100m 59.56 (32.50) [59.56] |
| 18 | Lopes Carlos Filipe | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'59''57 | 584 | | | |
50m 27.97 (27.97) 100m 59.57 (31.60) [59.57] |
| 19 | Arruabarrena Mayor Ander | 1999 | POR Ccd Estrelas S. Joao De Brito | 00'59''85 | 576 | | | |
50m 27.83 (27.83) 100m 59.85 (32.02) [59.85] |
| 20 | Patricio Rodrigo Alexandre | 1998 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'00''01 | 572 | | | |
50m 27.31 (27.31) 100m 1:00.01 (32.70) [1:00.01] |
| 21 | Goncalves Francisco Xavier | 1997 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'00''03 | 571 | | | |
50m 27.93 (27.93) 100m 1:00.03 (32.10) [1:00.03] |
| 22 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'00''17 | 567 | | | |
50m 27.78 (27.78) 100m 1:00.17 (32.39) [1:00.17] |
| 23 | Rebelo Diogo Nogueira | 1998 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 01'00''63 | 554 | | | |
50m 28.16 (28.16) 100m 1:00.63 (32.47) [1:00.63] |
| 24 | Coxixo Tomas Da Silva | 1999 | POR Ccd Estrelas S. Joao De Brito | 01'02''48 | 506 | | | |
50m 28.17 (28.17) 100m 1:02.48 (34.31) [1:02.48] |
