| 1 | Reis Rodrigo Miguel | 2004 | POR Clube Nautico Academico De Coimbra | 00'51''64 | 654 |  |  | |
50m 24.58 (24.58) 100m 51.64 (27.06) [51.64] |
| 2 | Carvalho Francisco Cruz | 2006 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 00'53''31 | 595 | | | |
50m 25.30 (25.30) 100m 53.31 (28.01) [53.31] |
| 3 | Costa Afonso Filipe | 2003 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'54''08 | 570 | | | |
50m 26.00 (26.00) 100m 54.08 (28.08) [54.08] |
| 4 | Dzyakanau Alexandre | 2007 | POR Associacao Louzan Natacao | 00'54''31 | 562 | | | |
50m 26.34 (26.34) 100m 54.31 (27.97) [54.31] |
| 5 | Gomes Rodrigo Ribeiro | 2000 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'54''33 | 562 | | | |
50m 26.09 (26.09) 100m 54.33 (28.24) [54.33] |
| 6 | Marques Joao Ferreira | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'55''02 | 541 | | | |
50m 26.76 (26.76) 100m 55.02 (28.26) [55.02] |
| 7 | Gaspar Joao Nuno | 2009 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'56''71 | 494 | | | |
50m 27.09 (27.09) 100m 56.71 (29.62) [56.71] |
| 8 | Ferreira Joao Rafael | 2006 | POR Clube Nautico Academico De Coimbra | 00'56''83 | 491 | | | |
50m 27.39 (27.39) 100m 56.83 (29.44) [56.83] |
| 9 | Pascoal Martim Nobre | 2008 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'57''69 | 469 | | | |
50m 27.80 (27.80) 100m 57.69 (29.89) [57.69] |
| 10 | Lima Rodrigo Marques | 2007 | POR Caspae | 00'58''31 | 454 | | | |
50m 28.21 (28.21) 100m 58.31 (30.10) [58.31] |
| 11 | Maia Samuel Dinis | 2008 | POR Clube Nautico De Miranda Do Corvo | 01'00''09 | 415 | | | |
50m 29.17 (29.17) 100m 1:00.09 (30.92) [1:00.09] |
| 12 | Martins Antonio Pedro | 2005 | POR Clube Uniao 1919 | 01'03''41 | 353 | | | |
50m 30.67 (30.67) 100m 1:03.41 (32.74) [1:03.41] |
| 13 | Ferreira Renato Maria | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 01'04''12 | 341 | | | |
50m 30.16 (30.16) 100m 1:04.12 (33.96) [1:04.12] |
| 14 | Fidalgo Henrique Figueiredo | 2008 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 01'04''70 | 332 | | | |
50m 31.09 (31.09) 100m 1:04.70 (33.61) [1:04.70] |
| 15 | Leitao Pedro Miguel | 2008 | POR Caspae | 01'05''58 | 319 | | | |
50m 30.77 (30.77) 100m 1:05.58 (34.81) [1:05.58] |
| 16 | Rodrigues Francisco Simoes | 2006 | POR Associacao Olhar 21 | 01'16''07 | 204 | | | |
50m 35.72 (35.72) 100m 1:16.07 (40.35) [1:16.07] |
| 17 | Lourenco Manuel Antonio | 2004 | POR Associacao Olhar 21 | 01'44''16 | 79 | | | |
50m 46.35 (46.35) 100m 1:44.16 (57.81) [1:44.16] |
| 18 | Paulo Marcelo Santos | 2000 | POR Associacao Olhar 21 | 02'01''43 | 50 | | | |
50m 53.34 (53.34) 100m 2:01.43 (1:08.09) [2:01.43] |
| 19 | Aguiar David Joao | 2007 | POR Associacao Olhar 21 | 02'25''73 | 29 | | | |
50m 1:10.71 (1:10.71) 100m 2:25.73 (1:15.02) [2:25.73] |
