| 1 | Silva Diogo Miguel | 2005 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'58''57 | 561 |  |  | |
50m 28.73 (28.73) 100m 58.57 (29.84) [58.57] |
| 2 | Dias Jose Diogo | 2004 | POR Clube Nautico Academico De Coimbra | 00'59''34 | 540 | | | |
50m 28.87 (28.87) 100m 59.34 (30.47) [59.34] |
| 3 | Meneses Martim Ribeiro | 2006 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 01'00''13 | 519 | | | |
50m 28.84 (28.84) 100m 1:00.13 (31.29) [1:00.13] |
| 4 | Canelas Pedro Nuno | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''76 | 479 | | | |
50m 29.98 (29.98) 100m 1:01.76 (31.78) [1:01.76] |
| 5 | Dzyakanau Alexandre | 2007 | POR Associacao Louzan Natacao | 01'02''58 | 460 | | | |
50m 30.95 (30.95) 100m 1:02.58 (31.63) [1:02.58] |
| 6 | Pinto Fabio Jose | 2006 | POR Ccd Pess. Camara Munic. Da Serta | 01'05''76 | 396 | | | |
50m 31.59 (31.59) 100m 1:05.76 (34.17) [1:05.76] |
| 7 | Rodrigues Rafael Pereira | 2008 | POR Condeixa Aqua Clube | 01'06''37 | 386 | | | |
50m 32.76 (32.76) 100m 1:06.37 (33.61) [1:06.37] |
| 8 | Martins Pedro Lages | 2007 | POR Sport Alges E Agueda | 01'07''45 | 367 | | | |
50m 32.95 (32.95) 100m 1:07.45 (34.50) [1:07.45] |
| 9 | Silva Rodrigo Mosca | 2008 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 01'08''70 | 348 | | | |
50m 33.54 (33.54) 100m 1:08.70 (35.16) [1:08.70] |
| 10 | Ferreira Renato Maria | 2004 | POR Clube Uniao 1919 | 01'08''79 | 346 | | | |
50m 33.20 (33.20) 100m 1:08.79 (35.59) [1:08.79] |
| 11 | Pinheiro Miguel Joao | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'10''51 | 322 | | | |
50m 34.07 (34.07) 100m 1:10.51 (36.44) [1:10.51] |
| 12 | Maia Samuel Dinis | 2008 | POR Clube Nautico De Miranda Do Corvo | 01'12''15 | 300 | | | |
50m 35.43 (35.43) 100m 1:12.15 (36.72) [1:12.15] |
| 13 | Pombo Tiago Santos | 2008 | POR Clube De Natacao De Alcobaca | 01'13''90 | 279 | | | |
50m 36.68 (36.68) 100m 1:13.90 (37.22) [1:13.90] |
| 14 | Costa Tomas Pinto | 2007 | POR Leixoes Sport Club | 01'14''36 | 274 | | | |
50m 36.21 (36.21) 100m 1:14.36 (38.15) [1:14.36] |
| 15 | Fernandes Goncalo Miranda | 2007 | POR Grupo Recreativo Vigor Da Mocidade | 01'14''50 | 273 | | | |
50m 35.75 (35.75) 100m 1:14.50 (38.75) [1:14.50] |
