| 1 | Kivylius Gintaras | 2011 | LTU Marijampoles Sporto Mokykla | 01'23''05 | 294 |
| 2 | Ciapas Dovydas | 2011 | LTU Kauno PM | 01'29''20 | 238 |
| 3 | Pilkionis Aistis | 2012 | LTU Kauno Sporto Mokykla Startas | 01'29''44 | 236 |
| 4 | Avgustinovic Erik | 2012 | LTU Klaiedos Gintaro Sporto Centras | 01'29''53 | 235 |
| 5 | Kedys Mazvydas | 2011 | LTU Marijampoles Sporto Mokykla | 01'32''57 | 212 |
| 6 | Peciulis Justas | 2011 | LTU Kauno PM | 01'34''65 | 199 |
| 7 | Zukauskas Nojus | 2011 | LTU Marijampoles Sporto Mokykla | 01'35''91 | 191 |
| 8 | Uselis Adomas | 2011 | LTU Kauno PM | 01'35''98 | 191 |
| 9 | Sapranauskas Justinas | 2012 | LTU Rokiskio Kuno Kulturos Ir Sporto Centras | 01'37''26 | 183 |
| 10 | Papeckys Zygimantas | 2011 | LTU Marijampoles Sporto Mokykla | 01'37''64 | 181 |
| 11 | Endzinas Dominykas | 2011 | LTU Palangos Sporto Centras | 01'38''60 | 176 |
| 12 | Baltrusaitis Dziugas | 2011 | LTU Siauliu Plaukimo Mokykla Delfinas-Vjsuc | 01'38''63 | 176 |
| 13 | Separis Artas | 2011 | LTU Sostines Sports Centre | 01'39''22 | 172 |
| 14 | Antulis Rytis | 2011 | LTU Sostines Sports Centre | 01'40''70 | 165 |
| 15 | Abromavicius Simas | 2012 | LTU Plaukimo Mokyla Nemunas | 01'41''31 | 162 |
| 16 | Narkus Paulius | 2011 | LTU Sostines Sports Centre | 01'41''42 | 161 |
| 17 | Naktinskas Povilas | 2012 | LTU Klaiedos Gintaro Sporto Centras | 01'42''06 | 158 |
| 18 | Grigas Kastytis Matas | 2012 | LTU Plaukimo Mokyla Nemunas | 01'43''64 | 151 |
| 19 | Valavicius Mantas | 2011 | LTU Kauno Plaukimo Mokykla | 01'44''03 | 150 |
| 20 | Bubnelis Robertas | 2012 | LTU Panevezio Sporto Gimnazija-Zemyna | 01'46''51 | 139 |
| 21 | Zygmanta Joris | 2012 | LTU Palangos Sporto Centras | 01'46''79 | 138 |
| 22 | Visinskis Azuolas | 2012 | LTU Palangos Sporto Centras | 01'47''51 | 135 |
| 23 | Sniuksta Kestutis | 2011 | LTU Kauno PM | 01'47''60 | 135 |
| 24 | Tamosiunas Bernardas | 2011 | LTU Kauno Plaukimo Mokykla | 01'48''50 | 132 |
| 25 | Varneckas Klaidas | 2011 | LTU Siauliu Plaukimo Mokykla Delfinas-Vjsuc | 01'49''88 | 127 |
| 26 | Tiskus Henrikas | 2011 | LTU Panevezio Sporto Gimnazija-Zemyna | 01'49''98 | 126 |
| 27 | Obrikis Tadas | 2011 | LTU Siauliu Plaukimo Mokykla Delfinas-Vjsuc | 01'50''18 | 126 |
| 28 | Titkov Denis | 2012 | LTU Kauno Sporto Mokykla Startas | 01'51''61 | 121 |
| 29 | Janciukas Kasparas | 2011 | LTU Sostines Sports Centre | 01'52''76 | 117 |
| 30 | Kochanskas Kristupas | 2012 | LTU Alytaus Pktaskas | 01'52''94 | 117 |
| 31 | Zukevicius Gustas | 2012 | LTU Elektrenu Sporto Centras | 02'01''16 | 94 |
| 32 | Ptasnykas Elijas | 2011 | LTU Alytaus Pktaskas | 02'02''71 | 91 |
| 33 | Gudaitis Gustas | 2011 | LTU Alytaus Pktaskas | 02'03''59 | 89 |
| 34 | Kurapka Raigardas | 2011 | LTU Alytaus Pktaskas | 02'04''02 | 88 |
| 35 | Sapitavicius Adomas | 2012 | LTU Elektrenu Sporto Centras | 02'09''46 | 77 |
| | Ivanauskas Elijus | 2012 | LTU Alytaus Pktaskas | Squalificato | |
| | Meskauskas Marijus | 2012 | LTU Rokiskio Kuno Kulturos Ir Sporto Centras | Squalificato | |
| | Belovas Igor | 2012 | LTU Siauliu Plaukimo Mokykla Delfinas-Vjsuc | Squalificato | |
| | Drigotas Gustas | 2011 | LTU Siauliu Plaukimo Mokykla Delfinas-Vjsuc | Squalificato | |
