| 1 | Leiria David Miguel | 1993 | POR Vikings Sports Club | 00'58''09 | 595 |  |  | |
50m 27.65 (27.65) 100m 58.09 (30.44) [58.09] |
| 2 | Silva Gustavo Carvalho | 2004 | POR Clube Naval Praia Da Vitoria | 00'58''33 | 588 | | | |
50m 28.57 (28.57) 100m 58.33 (29.76) [58.33] |
| 3 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 00'58''58 | 580 | | | |
50m 28.65 (28.65) 100m 58.58 (29.93) [58.58] |
| 4 | Pinho Manuel Antonio | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'58''62 | 579 | | | |
50m 28.30 (28.30) 100m 58.62 (30.32) [58.62] |
| 5 | Sousa Diogo Gomes | 1995 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 00'59''55 | 553 | | | |
50m 28.59 (28.59) 100m 59.55 (30.96) [59.55] |
| 6 | Fidalgo Mateus Valente | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'59''89 | 543 | | | |
50m 28.40 (28.40) 100m 59.89 (31.49) [59.89] |
| 7 | Gil Joao Pedro | 1997 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 00'59''92 | 542 | | | |
50m 29.36 (29.36) 100m 59.92 (30.56) [59.92] |
| 8 | Dias Tiago Miguel | 2003 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 01'00''19 | 535 | | | |
50m 28.95 (28.95) 100m 1:00.19 (31.24) [1:00.19] |
| 9 | Martins Samuel Dias | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'00''38 | 530 | | | |
50m 28.97 (28.97) 100m 1:00.38 (31.41) [1:00.38] |
| 10 | Gomes Diogo Sousa | 2002 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'00''71 | 521 | | | |
50m 29.23 (29.23) 100m 1:00.71 (31.48) [1:00.71] |
| 11 | Peixoto Joao Freitas | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'00''74 | 521 | | | |
50m 29.59 (29.59) 100m 1:00.74 (31.15) [1:00.74] |
| 12 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Efanor | 01'00''78 | 520 | | | |
50m 29.95 (29.95) 100m 1:00.78 (30.83) [1:00.78] |
| 13 | Rodrigues Pedro Reis | 2002 | POR Clube Desportivo Sao Roque | 01'01''18 | 509 | | | |
50m 29.65 (29.65) 100m 1:01.18 (31.53) [1:01.18] |
| 14 | Hadzhilar Soner Tunay | 1993 | POR Clube Natacao De Olhao | 01'01''27 | 507 | | | |
50m 28.77 (28.77) 100m 1:01.27 (32.50) [1:01.27] |
| 15 | Escada Bernardo Pastor | 1999 | POR Clube Desportivo Da ABP Gouveia | 01'01''96 | 490 | | | |
50m 29.45 (29.45) 100m 1:01.96 (32.51) [1:01.96] |
| 16 | Machado Ricardo Marques | 2002 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'02''11 | 487 | | | |
50m 30.08 (30.08) 100m 1:02.11 (32.03) [1:02.11] |
| 17 | Marques Diogo Puidival | 2000 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'02''12 | 487 | | | |
50m 29.39 (29.39) 100m 1:02.12 (32.73) [1:02.12] |
| 18 | Coelho Nuno Tiago | 2002 | POR Amigos Montanha-Assoc Montanhismo Barcelinhos | 01'02''51 | 478 | | | |
50m 30.12 (30.12) 100m 1:02.51 (32.39) [1:02.51] |
| 19 | Pires Joao Nuno | 1994 | POR Clube De Natacao Da Guarda | 01'02''63 | 475 | | | |
50m 30.97 (30.97) 100m 1:02.63 (31.66) [1:02.63] |
| 20 | Santos Joao Pedro | 2003 | POR Clube Act Fisica Bomb. De Ponta Delgada | 01'02''68 | 474 | | | |
50m 30.20 (30.20) 100m 1:02.68 (32.48) [1:02.68] |
| 21 | Moura Ricardo Goncalves | 1998 | POR Electrico Futebol Clube De Ponte De Sor | 01'03''66 | 452 | | | |
50m 30.35 (30.35) 100m 1:03.66 (33.31) [1:03.66] |
| | Oliveira Daniel Valente | 2003 | POR Sporting Clube De Aveiro | 01'03''66 | 452 | | | |
50m 30.99 (30.99) 100m 1:03.66 (32.67) [1:03.66] |
| 23 | Carvalho Tiago Fonseca | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 01'03''68 | 452 | | | |
50m 30.33 (30.33) 100m 1:03.68 (33.35) [1:03.68] |
| 24 | Lopes Tiago Fanha | 2004 | POR Clube Natacao Do Montijo | 01'03''99 | 445 | | | |
50m 30.54 (30.54) 100m 1:03.99 (33.45) [1:03.99] |
| 25 | Barroqueiro Miguel Martins | 1991 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 01'04''53 | 434 | | | |
50m 30.84 (30.84) 100m 1:04.53 (33.69) [1:04.53] |
| 26 | Rodrigues Rodrigo Vieira | 2006 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'04''66 | 432 | | | |
50m 30.38 (30.38) 100m 1:04.66 (34.28) [1:04.66] |
| 27 | Silva Guilherme Tomas | 2003 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'04''82 | 428 | | | |
50m 31.21 (31.21) 100m 1:04.82 (33.61) [1:04.82] |
| 28 | Pinho Duarte Sa | 2002 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'04''83 | 428 | | | |
50m 30.60 (30.60) 100m 1:04.83 (34.23) [1:04.83] |
| 29 | Jose Ricardo Jorge | 2002 | POR Clube De Natacao De Faro | 01'07''82 | 374 | | | |
50m 32.46 (32.46) 100m 1:07.82 (35.36) [1:07.82] |
| 30 | Neto Tomas Pratas | 2004 | POR Palmela Desporto Eem | 01'08''10 | 369 | | | |
50m 32.43 (32.43) 100m 1:08.10 (35.67) [1:08.10] |
| 31 | Lemos Gil Santos | 2006 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'08''59 | 361 | | | |
50m 32.56 (32.56) 100m 1:08.59 (36.03) [1:08.59] |
| 32 | Evaristo Bernardo Miguel | 2006 | POR Sociedade Filarmonica Gualdim Pais | 01'14''70 | 280 | | | |
50m 35.62 (35.62) 100m 1:14.70 (39.08) [1:14.70] |
