| 1 | Moura Andre Magalhaes | 1998 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'04''96 | 627 |  |  | |
50m 30.38 (30.38) 100m 1:04.96 (34.58) [1:04.96] |
| 2 | Capitao Simao Miguel | 1997 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'05''16 | 621 | | | |
50m 30.10 (30.10) 100m 1:05.16 (35.06) [1:05.16] |
| 3 | Carrico Antonio Fernandes | 1998 | POR Vikings Sports Club | 01'05''91 | 600 | | | |
50m 30.73 (30.73) 100m 1:05.91 (35.18) [1:05.91] |
| 4 | Fonseca Joao Costa | 2000 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 01'06''35 | 588 | | | |
50m 30.94 (30.94) 100m 1:06.35 (35.41) [1:06.35] |
| 5 | Soares Miguel Carlos | 1992 | POR Clube Naval Povoense | 01'06''40 | 587 | | | |
50m 30.74 (30.74) 100m 1:06.40 (35.66) [1:06.40] |
| 6 | Mateus Diogo Garcez | 2002 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'06''65 | 580 | | | |
50m 31.32 (31.32) 100m 1:06.65 (35.33) [1:06.65] |
| 7 | Meruje Joaquim Agra | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 01'06''66 | 580 | | | |
50m 31.02 (31.02) 100m 1:06.66 (35.64) [1:06.66] |
| 8 | Viana Luis Filipe | 1989 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 01'06''74 | 578 | | | |
50m 30.77 (30.77) 100m 1:06.74 (35.97) [1:06.74] |
| 9 | Joaquim Andre Serro | 2000 | POR Clube Natacao De Olhao | 01'06''82 | 576 | | | |
50m 31.70 (31.70) 100m 1:06.82 (35.12) [1:06.82] |
| 10 | Silva Gustavo Carvalho | 2004 | POR Clube Naval Praia Da Vitoria | 01'07''14 | 568 | | | |
50m 31.39 (31.39) 100m 1:07.14 (35.75) [1:07.14] |
| 11 | Marreiros Ricardo Basilio | 1997 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'07''81 | 551 | | | |
50m 31.65 (31.65) 100m 1:07.81 (36.16) [1:07.81] |
| 12 | Moreira Joao Pedro | 2004 | POR Colegio Efanor | 01'08''08 | 545 | | | |
50m 32.26 (32.26) 100m 1:08.08 (35.82) [1:08.08] |
| 13 | Pereira Bernardo Sousa | 2001 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'08''45 | 536 | | | |
50m 31.78 (31.78) 100m 1:08.45 (36.67) [1:08.45] |
| 14 | Nova Tiago Vila | 2000 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'08''52 | 534 | | | |
50m 31.26 (31.26) 100m 1:08.52 (37.26) [1:08.52] |
| 15 | Marques Tiago Andre | 1993 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'08''59 | 532 | | | |
50m 30.99 (30.99) 100m 1:08.59 (37.60) [1:08.59] |
| 16 | Gil Joao Pedro | 1998 | POR Electrico Futebol Clube De Ponte De Sor | 01'09''22 | 518 | | | |
50m 31.87 (31.87) 100m 1:09.22 (37.35) [1:09.22] |
| 17 | Neves Joao Pedro | 1996 | POR Clube Desportivo Da ABP Gouveia | 01'09''27 | 517 | | | |
50m 32.60 (32.60) 100m 1:09.27 (36.67) [1:09.27] |
| 18 | Cerdeirinha Xavier Gomes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'09''40 | 514 | | | |
50m 32.05 (32.05) 100m 1:09.40 (37.35) [1:09.40] |
| 19 | Correia Rui Miguel | 1996 | POR Clube Natacao Do Montijo | 01'10''08 | 499 | | | |
50m 32.13 (32.13) 100m 1:10.08 (37.95) [1:10.08] |
| 20 | Ferreira Joao Renato | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 01'10''11 | 499 | | | |
50m 32.21 (32.21) 100m 1:10.11 (37.90) [1:10.11] |
| 21 | Santos Roberto Pinho | 2003 | POR Associacao Estamos Juntos | 01'10''15 | 498 | | | |
50m 32.35 (32.35) 100m 1:10.15 (37.80) [1:10.15] |
| 22 | Matos Joao Luis | 2003 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 01'10''26 | 495 | | | |
50m 32.16 (32.16) 100m 1:10.26 (38.10) [1:10.26] |
| 23 | Lopes Francisco Oliveira | 2004 | POR Clube Act Fisica Bomb. De Ponta Delgada | 01'11''19 | 476 | | | |
50m 34.10 (34.10) 100m 1:11.19 (37.09) [1:11.19] |
| 24 | Moura Diogo Goncalves | 2002 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'11''83 | 464 | | | |
50m 33.18 (33.18) 100m 1:11.83 (38.65) [1:11.83] |
| 25 | Soares Afonso Almeida | 2001 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'12''18 | 457 | | | |
50m 33.49 (33.49) 100m 1:12.18 (38.69) [1:12.18] |
| 26 | Tavares Pedro Oliveira | 2001 | POR Clube De Natacao Da Guarda | 01'12''21 | 456 | | | |
50m 33.73 (33.73) 100m 1:12.21 (38.48) [1:12.21] |
| 27 | Lopes Pedro Henrique | 2003 | POR Clube Desportivo Sao Roque | 01'12''49 | 451 | | | |
50m 33.81 (33.81) 100m 1:12.49 (38.68) [1:12.49] |
| 28 | Gaspar Andre Jesus | 2004 | POR Sociedade Filarmonica Gualdim Pais | 01'15''75 | 395 | | | |
50m 35.32 (35.32) 100m 1:15.75 (40.43) [1:15.75] |
| 29 | Morais Alexandre Duarte | 2004 | POR Palmela Desporto Eem | 01'17''00 | 376 | | | |
50m 35.97 (35.97) 100m 1:17.00 (41.03) [1:17.00] |
| 30 | Rodrigues Henrique Rocha | 2003 | POR Sporting Clube De Aveiro | 01'19''35 | 344 | | | |
50m 36.85 (36.85) 100m 1:19.35 (42.50) [1:19.35] |
| 31 | Rodrigues Miguel Goncalves | 2005 | POR Clube De Natacao De Faro | 01'21''35 | 319 | | | |
50m 37.52 (37.52) 100m 1:21.35 (43.83) [1:21.35] |
| 32 | Silva Daniel Jose | 1999 | POR Amigos Montanha-Assoc Montanhismo Barcelinhos | 01'21''53 | 317 | | | |
50m 36.96 (36.96) 100m 1:21.53 (44.57) [1:21.53] |
