| 1 | Gomes Lia Beatriz | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'19''90 | 526 |  |  | |
100m 1:08.59 (1:08.59) [1:08.59] 200m 2:19.90 [1:11.31] |
| 2 | Nogueira Ines Aires | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'20''02 | 525 | | | |
100m 1:08.59 (1:08.59) [1:08.59] 200m 2:20.02 [1:11.43] |
| 3 | Hermosa Beatriz Carvalho | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'24''12 | 481 | | | |
100m 1:09.70 (1:09.70) [1:09.70] 200m 2:24.12 [1:14.42] |
| 4 | Ribas Ema Monteiro | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'27''15 | 452 | | | |
100m 1:11.47 (1:11.47) [1:11.47] 200m 2:27.15 [1:15.68] |
| 5 | Martins Ana Rita | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'27''48 | 449 | | | |
100m 1:11.77 (1:11.77) [1:11.77] 200m 2:27.48 [1:15.71] |
| 6 | Vale Ines Barbosa | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'30''16 | 425 | | | |
100m 1:11.77 (1:11.77) [1:11.77] 200m 2:30.16 [1:18.39] |
| 7 | Sousa Matilde Teixeira | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'30''86 | 420 | | | |
100m 1:13.75 (1:13.75) [1:13.75] 200m 2:30.86 [1:17.11] |
| 8 | Kvas Patricia Alexandra | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'31''57 | 414 | | | |
100m 1:13.18 (1:13.18) [1:13.18] 200m 2:31.57 [1:18.39] |
| 9 | Pinto Joana Filipa | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'33''38 | 399 | | | |
100m 1:14.59 (1:14.59) [1:14.59] 200m 2:33.38 [1:18.79] |
| 10 | Romao Mariana Santos | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 02'36''50 | 376 | | | |
100m 1:15.30 (1:15.30) [1:15.30] 200m 2:36.50 [1:21.20] |
| 11 | Leal Ines Francisca | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'37''99 | 365 | | | |
100m 1:16.32 (1:16.32) [1:16.32] 200m 2:37.99 [1:21.67] |
| 12 | Sa Maria Luis | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'39''75 | 353 | | | |
100m 1:17.75 (1:17.75) [1:17.75] 200m 2:39.75 [1:22.00] |
| 13 | Barbosa Bebiana Filipa | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'40''26 | 350 | | | |
100m 1:17.64 (1:17.64) [1:17.64] 200m 2:40.26 [1:22.62] |
| 14 | Magalhaes Maria Joao | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'41''95 | 339 | | | |
100m 1:13.02 (1:13.02) [1:13.02] 200m 2:41.95 [1:28.93] |
| 15 | Sebastiao Mafalda Valente | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'43''52 | 329 | | | |
100m 1:19.12 (1:19.12) [1:19.12] 200m 2:43.52 [1:24.40] |
| 16 | Cunha Telma Ferreira | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'44''55 | 323 | | | |
100m 1:20.28 (1:20.28) [1:20.28] 200m 2:44.55 [1:24.27] |
| 17 | Pereira Sophia Szrek | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'47''89 | 304 | | | |
100m 1:21.69 (1:21.69) [1:21.69] 200m 2:47.89 [1:26.20] |
| 18 | Gomes Maria Beatriz | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'50''10 | 293 | | | |
100m 1:24.02 (1:24.02) [1:24.02] 200m 2:50.10 [1:26.08] |
| 19 | Pinto Carolina Soares | 2006 | POR Clube De Natacao Da Maia | 02'53''98 | 273 | | | |
100m 1:25.03 (1:25.03) [1:25.03] 200m 2:53.98 [1:28.95] |
| 20 | Oliveira Mariana Sousa | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 03'06''58 | 222 | | | |
100m 1:27.67 (1:27.67) [1:27.67] 200m 3:06.58 [1:38.91] |
| 21 | Morais Mara Luciana | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 03'35''26 | 144 | | | |
100m 1:44.17 (1:44.17) [1:44.17] 200m 3:35.26 [1:51.09] |
| | Maia Ariana Pinto | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | Squalificato | |
