| 1 | Pinto Leonor Filipa | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'38''37 | 505 |  |  | |
100m 1:16.58 (1:16.58) [1:16.58] 200m 2:38.37 [1:21.79] |
| 2 | Hermosa Beatriz Carvalho | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'42''34 | 468 | | | |
100m 1:16.29 (1:16.29) [1:16.29] 200m 2:42.34 [1:26.05] |
| 3 | Ferreira Maria Joao | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'42''45 | 467 | | | |
100m 1:16.09 (1:16.09) [1:16.09] 200m 2:42.45 [1:26.36] |
| 4 | Costa Daniela Alexandra | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'42''79 | 465 | | | |
100m 1:16.85 (1:16.85) [1:16.85] 200m 2:42.79 [1:25.94] |
| 5 | Neves Gabriela Ferreira | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'44''33 | 452 | | | |
100m 1:17.60 (1:17.60) [1:17.60] 200m 2:44.33 [1:26.73] |
| 6 | Novais Regina Correia | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'44''67 | 449 | | | |
100m 1:19.87 (1:19.87) [1:19.87] 200m 2:44.67 [1:24.80] |
| 7 | Neto Lara Gomes | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'46''52 | 434 | | | |
100m 1:21.79 (1:21.79) [1:21.79] 200m 2:46.52 [1:24.73] |
| 8 | Gouveia Ana Luisa | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'47''62 | 425 | | | |
100m 1:19.95 (1:19.95) [1:19.95] 200m 2:47.62 [1:27.67] |
| 9 | Gomes Lia Beatriz | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'47''96 | 423 | | | |
100m 1:17.95 (1:17.95) [1:17.95] 200m 2:47.96 [1:30.01] |
| 10 | Souto Carolina Soares | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'49''77 | 409 | | | |
100m 1:19.18 (1:19.18) [1:19.18] 200m 2:49.77 [1:30.59] |
| 11 | Ferreira Ana Martim | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'52''96 | 387 | | | |
100m 1:22.74 (1:22.74) [1:22.74] 200m 2:52.96 [1:30.22] |
| 12 | Romao Mariana Santos | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 02'54''24 | 379 | | | |
100m 1:27.31 (1:27.31) [1:27.31] 200m 2:54.24 [1:26.93] |
| 13 | Santos Clara Daniela | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'55''22 | 372 | | | |
100m 1:25.99 (1:25.99) [1:25.99] 200m 2:55.22 [1:29.23] |
| 14 | Campos Maria Luis | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'55''41 | 371 | | | |
100m 1:24.23 (1:24.23) [1:24.23] 200m 2:55.41 [1:31.18] |
| 15 | Sousa Matilde Teixeira | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'55''73 | 369 | | | |
100m 1:23.24 (1:23.24) [1:23.24] 200m 2:55.73 [1:32.49] |
| 16 | Vale Ines Barbosa | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'56''32 | 365 | | | |
100m 1:23.29 (1:23.29) [1:23.29] 200m 2:56.32 [1:33.03] |
| 17 | Fernandes Mariana Fontes | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'57''21 | 360 | | | |
100m 1:22.02 (1:22.02) [1:22.02] 200m 2:57.21 [1:35.19] |
| 18 | Ribas Ema Monteiro | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'57''58 | 358 | | | |
100m 1:25.67 (1:25.67) [1:25.67] 200m 2:57.58 [1:31.91] |
| 19 | Sebastiao Mafalda Valente | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'58''83 | 350 | | | |
100m 1:26.07 (1:26.07) [1:26.07] 200m 2:58.83 [1:32.76] |
| 20 | Pinto Ana Marques | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'00''72 | 339 | | | |
100m 1:29.17 (1:29.17) [1:29.17] 200m 3:00.72 [1:31.55] |
| 21 | Goncalves Cristina Moreira | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 03'02''90 | 327 | | | |
100m 1:26.32 (1:26.32) [1:26.32] 200m 3:02.90 [1:36.58] |
| 22 | Sa Maria Luis | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'05''71 | 313 | | | |
100m 1:28.71 (1:28.71) [1:28.71] 200m 3:05.71 [1:37.00] |
| 23 | Cunha Telma Ferreira | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'10''72 | 289 | | | |
100m 1:32.08 (1:32.08) [1:32.08] 200m 3:10.72 [1:38.64] |
| | Gomes Maria Beatriz | 2006 | POR Leixoes Sport Club | Squalificato | |
