| 1 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'54''22 | 647 |
| 2 | Carvalho Fernando Costa | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'57''12 | 553 |
| 3 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'57''20 | 551 |
| 4 | Mendes Ricardo Ferreira | 2003 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'57''52 | 542 |
| 5 | Carvalho Tiago Fonseca | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 00'58''04 | 527 |
| 6 | Neto Rodrigo Jorge | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'58''57 | 513 |
| 7 | Rocha Bernardo Sousa | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'59''39 | 492 |
| 8 | Pereira Diogo Guimaraes | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 00'59''55 | 488 |
| 9 | Carneiro Joao Torres | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'00''33 | 470 |
| 10 | Ribeiro Vitor Hugo | 2003 | POR Lousada Seculo XXI | 01'00''66 | 462 |
| 11 | Baptista Coelho Alex | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'00''99 | 455 |
| 12 | Fernandes Joao Bernardo | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 01'01''18 | 450 |
| 13 | Araujo Jose Miguel | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'01''24 | 449 |
| 14 | Teixeira Pedro Rui | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'01''87 | 435 |
| 15 | Maia Rodrigo Costa | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''89 | 435 |
| 16 | Silva Jason | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'01''92 | 434 |
| 17 | Sa Joao Luis | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'02''03 | 432 |
| 18 | Vasconcelos Bernardo Nunes | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'02''45 | 423 |
| 19 | Carneiro Andre Martins | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'02''53 | 422 |
| 20 | Pereira Daniel Santos | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'02''65 | 419 |
| 21 | Marantes Goncalo Maria | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'03''32 | 406 |
| 22 | Santos Guilherme Silva | 2003 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'03''57 | 401 |
| 23 | Costa Nuno Ferreira | 2003 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'03''88 | 396 |
| 24 | Vilaca Joao Pedro | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'04''28 | 388 |
| 25 | Bessa Flavio Rafael | 2003 | POR Lousada Seculo XXI | 01'04''53 | 384 |
| 26 | Silva Rui Pedro | 2003 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'05''89 | 360 |
| 27 | Teixeira Goncalo Mauricio | 2003 | POR Amarantus Aquatic Club | 01'05''92 | 360 |
| 28 | Pereira Diogo Alexandre | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'07''56 | 334 |
| 29 | Mendes Goncalo Costa | 2003 | POR Amarantus Aquatic Club | 01'09''12 | 312 |
| 30 | Santos Joao Carlos | 2003 | POR Assoc. Propriet. Da Urbanizacao Vila De Este | 01'14''21 | 252 |
| | Cunha Daniel Francisco | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | Squalificato | |
