| 1 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 02'18''73 | 554 |  |  | |
100m 1:03.25 (1:03.25) [1:03.25] 200m 2:18.73 [1:15.48] |
| 2 | Araujo Joao Guilherme | 2003 | POR Clube De Natacao Da Maia | 02'19''11 | 550 | | | |
100m 1:04.98 (1:04.98) [1:04.98] 200m 2:19.11 [1:14.13] |
| 3 | Mendes Ricardo Ferreira | 2003 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'22''33 | 513 | | | |
100m 1:09.08 (1:09.08) [1:09.08] 200m 2:22.33 [1:13.25] |
| 4 | Ferreira Joao Carlos | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'23''31 | 503 | | | |
100m 1:06.87 (1:06.87) [1:06.87] 200m 2:23.31 [1:16.44] |
| 5 | Castro Duarte Monteiro | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'23''32 | 503 | | | |
100m 1:04.07 (1:04.07) [1:04.07] 200m 2:23.32 [1:19.25] |
| 6 | Marques Andre Costa | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'23''90 | 497 | | | |
100m 1:05.97 (1:05.97) [1:05.97] 200m 2:23.90 [1:17.93] |
| 7 | Dias Ruben Fonseca | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'24''03 | 495 | | | |
100m 1:05.92 (1:05.92) [1:05.92] 200m 2:24.03 [1:18.11] |
| 8 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 02'26''04 | 475 | | | |
100m 1:07.67 (1:07.67) [1:07.67] 200m 2:26.04 [1:18.37] |
| 9 | Costa Hugo Alexandre | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'26''93 | 467 | | | |
100m 1:09.49 (1:09.49) [1:09.49] 200m 2:26.93 [1:17.44] |
| 10 | Leal Dinis Barros | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'27''25 | 464 | | | |
100m 1:08.86 (1:08.86) [1:08.86] 200m 2:27.25 [1:18.39] |
| 11 | Gomes Joao Campelo | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'28''84 | 449 | | | |
100m 1:09.45 (1:09.45) [1:09.45] 200m 2:28.84 [1:19.39] |
| 12 | Santos Antonio Miguel | 2003 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 02'31''38 | 427 | | | |
100m 1:10.84 (1:10.84) [1:10.84] 200m 2:31.38 [1:20.54] |
| 13 | Carneiro Joao Torres | 2003 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'31''51 | 425 | | | |
100m 1:11.83 (1:11.83) [1:11.83] 200m 2:31.51 [1:19.68] |
| 14 | Folha Diogo Antonio | 2003 | POR Leixoes Sport Club | 02'33''07 | 413 | | | |
100m 1:10.70 (1:10.70) [1:10.70] 200m 2:33.07 [1:22.37] |
| 15 | Vasconcelos Bernardo Nunes | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'33''93 | 406 | | | |
100m 1:12.25 (1:12.25) [1:12.25] 200m 2:33.93 [1:21.68] |
| 16 | Castro Helder Ribeiro | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'36''50 | 386 | | | |
100m 1:14.45 (1:14.45) [1:14.45] 200m 2:36.50 [1:22.05] |
| 17 | Pereira Diogo Pontes | 2003 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 02'37''00 | 382 | | | |
100m 1:14.55 (1:14.55) [1:14.55] 200m 2:37.00 [1:22.45] |
| 18 | Baptista Coelho Alex | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 02'37''33 | 380 | | | |
100m 1:12.29 (1:12.29) [1:12.29] 200m 2:37.33 [1:25.04] |
| | Sousa Diogo Nunes | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | Squalificato | |
