| 1 | Macedo Martim Cunha | 2009 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'45''58 | 115 |
| 2 | Vieira Salvador Miguel | 2009 | POR Clube Propaganda Da Natacao | 00'46''28 | 110 |
| 3 | Cunha Cristiano Alexandre | 2009 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'47''56 | 101 |
| 4 | Martinho Vasco Jorge | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'48''23 | 97 |
| 5 | Leite Francisco Almeida | 2009 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'48''29 | 97 |
| 6 | Gomes Goncalo Matos | 2009 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'48''62 | 95 |
| 7 | Oliveira Pedro Campelo | 2009 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'49''58 | 90 |
| 8 | Ferreira Andre Bernardes | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'49''64 | 89 |
| 9 | Barros Tomas Pinto | 2009 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'49''69 | 89 |
| 10 | Fangueiro Pedro Ramos | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'50''66 | 84 |
| 11 | Moreira Vasco Pereira | 2009 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'51''20 | 81 |
| 12 | Freitas Diogo Miguel | 2009 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'51''76 | 79 |
| 13 | Vicente Emanuel David | 2009 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'51''95 | 78 |
| 14 | Bento Antonio Miguel | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'52''12 | 77 |
| 15 | Pinto Henrique Sousa | 2009 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'52''16 | 77 |
| 16 | Demarzo Matteo Furlan | 2009 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'52''22 | 77 |
| 17 | Sottomayor Luis Maria | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'53''98 | 69 |
| 18 | Rodrigues Goncalo Fonseca | 2009 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'54''25 | 68 |
| 19 | Anjos Guilherme Neto | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'54''95 | 66 |
| 20 | Rodrigues Afonso Silva | 2009 | POR Clube Naval Povoense | 00'56''83 | 59 |
| 21 | Gomes Castro Antonio | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'57''10 | 58 |
| 22 | Silva Rafael Aguiar | 2009 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'57''25 | 58 |
| 23 | Duarte Pedro Afonso | 2009 | POR Leixoes Sport Club | 00'57''76 | 56 |
| 24 | Jesus Ricardo Jorge | 2009 | POR Leixoes Sport Club | 00'58''29 | 55 |
| 25 | Carrico Miguel Araujo | 2009 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'59''70 | 51 |
| 26 | Carvalho Tomas Pinto | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'00''43 | 49 |
| 27 | Mendes Rubim Dinis | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'00''45 | 49 |
| 28 | Deus Bernardo Silva | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'00''54 | 49 |
| 29 | Gaiteiro Ruben Andre | 2009 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'01''80 | 46 |
| 30 | Varela Miguel Castro | 2009 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'02''62 | 44 |
| 31 | Fernandes Miguel Serra | 2009 | POR Clube Naval Povoense | 01'03''24 | 43 |
| 32 | Ribeiro Reinaldo Filipe | 2009 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'06''92 | 36 |
| | Ferraz Nuno Henrique | 2009 | POR Clube De Natacao De Valongo | Squalificato | |
