| 1 | Mogne Igor Araujo | 1996 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'57''76 | 641 |
| 2 | Gouveia Pedro Galvao | 1999 | POR Seleccao Da Madeira | 00'58''06 | 631 |
| 3 | Gomes Vicente Oliveira | 2002 | POR Portugal | 00'58''10 | 630 |
| 4 | Dantas Diogo Leal | 2000 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'58''55 | 616 |
| 5 | Fernandes Eduardo Gomes | 2002 | POR Portugal | 00'58''65 | 612 |
| 6 | Santos Nuno Goncalo | 1996 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'58''87 | 606 |
| 7 | Da Cunha Costa Tiago | 1999 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'59''32 | 592 |
| 8 | Clemente Bernardo Santos | 1998 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'59''36 | 591 |
| 9 | Lopes Tomas Teixeira | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'59''43 | 589 |
| 10 | Aguiar Gabriel Silva | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'59''65 | 582 |
| 11 | Vakulyuk Paulo | 2003 | POR Clube De Natacao De Torres Novas | 00'59''83 | 577 |
| | Lopes Carlos Filipe | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'59''83 | 577 |
| 13 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'59''91 | 575 |
| 14 | Yelistratkin Illya | 1996 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'00''07 | 570 |
| 15 | Marques Diogo Puidival | 2000 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'00''08 | 570 |
| 16 | Camoes Tiago Maria | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 01'00''16 | 567 |
| 17 | Sousa Joao Ribeiro | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'00''61 | 555 |
| 18 | Rola Nuno Miguel | 1983 | ANG Angola | 01'00''73 | 552 |
| 19 | Nova Tiago Vila | 2000 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'00''90 | 547 |
| 20 | Domingues Ricardo Jorge | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'01''64 | 527 |
