| 1 | Veloso Tomas Miguel | 1996 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 00'57''17 | 594 |  |  | |
50m 27.06 (27.06) 100m 57.17 (30.11) [57.17] |
| 2 | Clemente Bernardo Santos | 1998 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'57''51 | 584 | | | |
50m 26.69 (26.69) 100m 57.51 (30.82) [57.51] |
| 3 | Madureira Gustavo Almeida | 1994 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'58''43 | 557 | | | |
50m 27.04 (27.04) 100m 58.43 (31.39) [58.43] |
| 4 | Cunha Jose Miguel | 2001 | POR Condeixa Aqua Clube | 00'59''20 | 535 | | | |
50m 27.59 (27.59) 100m 59.20 (31.61) [59.20] |
| 5 | Jose Diogo Coelho | 2001 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 00'59''34 | 531 | | | |
50m 27.86 (27.86) 100m 59.34 (31.48) [59.34] |
| 6 | Patricio Rodrigo Alexandre | 1998 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'00''81 | 494 | | | |
50m 28.29 (28.29) 100m 1:00.81 (32.52) [1:00.81] |
| 7 | Simoes Manuel Baptista | 2003 | POR Clube Uniao 1919 | 01'01''02 | 489 | | | |
50m 27.86 (27.86) 100m 1:01.02 (33.16) [1:01.02] |
| 8 | Domingues Ricardo Jorge | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'02''37 | 458 | | | |
50m 28.72 (28.72) 100m 1:02.37 (33.65) [1:02.37] |
| 9 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 01'03''52 | 433 | | | |
50m 29.67 (29.67) 100m 1:03.52 (33.85) [1:03.52] |
| 10 | Santos Alberto Antonio | 2001 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 01'03''82 | 427 | | | |
50m 28.95 (28.95) 100m 1:03.82 (34.87) [1:03.82] |
| 11 | Santos Pedro Ribeiro | 1998 | POR Condeixa Aqua Clube | 01'04''14 | 421 | | | |
50m 29.96 (29.96) 100m 1:04.14 (34.18) [1:04.14] |
| 12 | Matos Eduardo Borges | 2001 | POR Uniao Clube Eirense | 01'06''37 | 380 | | | |
50m 31.20 (31.20) 100m 1:06.37 (35.17) [1:06.37] |
| 13 | Ventura Jose Miguel | 1997 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'07''88 | 355 | | | |
50m 31.06 (31.06) 100m 1:07.88 (36.82) [1:07.88] |
| 14 | Bras Alexandre Miguel | 2003 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 01'08''77 | 341 | | | |
50m 31.60 (31.60) 100m 1:08.77 (37.17) [1:08.77] |
| 15 | Pimenta Bernardo Carvalho | 2002 | POR Associacao Louzan Natacao | 01'08''81 | 341 | | | |
50m 31.77 (31.77) 100m 1:08.81 (37.04) [1:08.81] |
| 16 | Cardoso Bernardo Cardetas | 2002 | POR Associacao Columbofila Cantanhedense | 01'11''19 | 308 | | | |
50m 33.15 (33.15) 100m 1:11.19 (38.04) [1:11.19] |
| 17 | Gaspar Filipe Apostolo | 2003 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 01'16''38 | 249 | | | |
50m 35.71 (35.71) 100m 1:16.38 (40.67) [1:16.38] |
| | Oviedo Miguel Freitas | 2002 | POR Associacao Academica De Coimbra | Squalificato | |
