| 1 | Lourenco Francisco Campos | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'57''93 | 561 |  |  | |
50m 26.98 (26.98) 100m 57.93 (30.95) [57.93] |
| 2 | Vale Henrique Santa | 2004 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'00''61 | 489 | | | |
50m 29.03 (29.03) 100m 1:00.61 (31.58) [1:00.61] |
| 3 | Bispo Miguel Almeida | 2008 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'02''53 | 446 | | | |
50m 29.26 (29.26) 100m 1:02.53 (33.27) [1:02.53] |
| 4 | Pacheco Rafael Dinis | 2007 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'02''58 | 445 | | | |
50m 29.46 (29.46) 100m 1:02.58 (33.12) [1:02.58] |
| 5 | Braz Pedro Pereira | 2008 | POR Clip Teams Associacao Desportiva | 01'04''13 | 413 | | | |
50m 30.17 (30.17) 100m 1:04.13 (33.96) [1:04.13] |
| 6 | Mateus Dinis Martins | 2007 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'04''49 | 406 | | | |
50m 30.47 (30.47) 100m 1:04.49 (34.02) [1:04.49] |
| 7 | Lopes Marco Oliveira | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'04''92 | 398 | | | |
50m 29.64 (29.64) 100m 1:04.92 (35.28) [1:04.92] |
| 8 | Costa Daniel Filipe | 2004 | POR Associacao Tubaroes De Gaia | 01'05''58 | 386 | | | |
50m 30.57 (30.57) 100m 1:05.58 (35.01) [1:05.58] |
| 9 | Garcia Duarte Correia | 2007 | POR Leixoes Sport Club | 01'06''04 | 378 | | | |
50m 30.58 (30.58) 100m 1:06.04 (35.46) [1:06.04] |
| 10 | Cardoso Miguel Almeida | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'10''59 | 310 | | | |
50m 33.39 (33.39) 100m 1:10.59 (37.20) [1:10.59] |
| 11 | Lobo Ivo Domingos | 2009 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'10''62 | 309 | | | |
50m 32.24 (32.24) 100m 1:10.62 (38.38) [1:10.62] |
| | Costa Antonio Miguel | 2007 | POR Associacao Desportiva De Fafe | Squalificato | |
