| 1 | Ribeiro Filipe Silva | 2005 | POR Leixoes Sport Club | 00'54''57 | 635 |
| 2 | Goncalves Manuel Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 00'55''42 | 606 |
| 3 | Silva Eduardo Pires | 2008 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'56''69 | 566 |
| 4 | Pereira Santiago Carvalho | 2008 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'57''52 | 542 |
| 5 | Vale Henrique Santa | 2004 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 00'57''63 | 539 |
| 6 | Dores Tomas Rocha | 2007 | POR Colegio Efanor | 00'57''80 | 534 |
| 7 | Carneiro Daniel Carlos | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'58''54 | 514 |
| 8 | Sampaio Rafael Rui | 2009 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'58''87 | 505 |
| 9 | Barros Jose Pedro | 2008 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'59''30 | 495 |
| 10 | Silva Eduardo Miguel | 2008 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'59''47 | 490 |
| 11 | Vieira Salvador Miguel | 2009 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'00''02 | 477 |
| 12 | Cambas Dinis Miranda | 2007 | POR Clube Naval Povoense | 01'00''45 | 467 |
| 13 | Antunes David Luis | 2007 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'00''56 | 464 |
| 14 | Cardoso Paulo Alexandre | 2003 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'00''99 | 455 |
| 15 | Santos Antonio Miguel | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''11 | 452 |
| 16 | Santos Ruben Vieira | 2000 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'01''33 | 447 |
| | Marcal Leonardo Grakhov | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''33 | 447 |
| 18 | Martins Francisco Santiago | 2009 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'01''53 | 443 |
| 19 | Oliveira Pedro Campelo | 2009 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'01''56 | 442 |
| 20 | Coelho Gabriel Ramada | 2008 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'01''63 | 440 |
| 21 | Garcia Duarte Correia | 2007 | POR Leixoes Sport Club | 01'02''76 | 417 |
| 22 | Mendes Martim Danilo | 2007 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'02''88 | 415 |
| 23 | Varela Miguel Castro | 2009 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'03''04 | 412 |
| 24 | Ferreira Martim Alexandre | 2009 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'04''04 | 393 |
| 25 | Encarnacao Joao Miguel | 2008 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 01'04''19 | 390 |
| 26 | Lourenco Tomas Freitas | 2008 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'04''47 | 385 |
| 27 | Moreira Antonio Pedro | 2008 | POR Colegio Efanor | 01'04''60 | 382 |  |  | |
50m 25.88 (25.88) 100m 1:04.60 (38.72) [1:04.60] |
| 28 | Nogueira Goncalo Aires | 2009 | POR Colegio Efanor | 01'04''66 | 381 |
| 29 | Ferreira Tomas Lima | 2009 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'04''67 | 381 |
| 30 | Machado Gustavo Amaro | 2007 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'04''78 | 379 |
| 31 | Ferreira Pedro Machado | 2008 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'04''85 | 378 |
| 32 | Favas Rui Colaco | 2009 | POR Associacao Tubaroes De Gaia | 01'05''79 | 362 |
| 33 | Saraiva Tomas Campos | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'06''20 | 355 |
| 34 | Fangueiro Pedro Ramos | 2009 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'06''36 | 353 |
| 35 | Ferreira Andre Bernardes | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'06''92 | 344 |
| 36 | Aragao Tiago Bouhaddoune | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'07''34 | 338 |
| 37 | Costa Dinis Rodrigues | 2009 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'08''37 | 322 |
| 38 | Silva Guilherme Ferreira | 2009 | POR Colegio Efanor | 01'09''35 | 309 |
| 39 | Neves Rodrigo Miguel | 2008 | POR Clube Naval Povoense | 01'10''93 | 289 |
| 40 | Mendes Rubim Dinis | 2009 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'11''12 | 286 |
| 41 | Ramos Joao Miguel | 2008 | POR Associacao Tubaroes De Gaia | 01'11''40 | 283 |
| 42 | Rocha Simao Pedro | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'13''27 | 262 |
| 43 | Sousa Jose Pedro | 2009 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'13''41 | 260 |
| 44 | Silva Francisco Barbosa | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'18''13 | 216 | | | |
50m 25.71 (25.71) 100m 1:18.13 (52.42) [1:18.13] |
| | Martins Simao Pedro | 2009 | POR Clube Naval Povoense | Squalificato | |
