| 1 | Antunes Rebeca Leonor Neves | 2006 | POR Sport Alges E Dafundo | 01'14''67 | 582 |  |  | |
50m 35.01 (35.01) 100m 1:14.67 (39.66) [1:14.67] |
| 2 | Ferreira Francisca Santos | 2006 | POR Sport Alges E Dafundo | 01'17''47 | 521 | | | |
50m 36.77 (36.77) 100m 1:17.47 (40.70) [1:17.47] |
| 3 | Belo Catarina Machado | 2006 | POR Benedita Sport Club Natacao | 01'18''30 | 505 | | | |
50m 36.63 (36.63) 100m 1:18.30 (41.67) [1:18.30] |
| 4 | Brizida Filipa Roma | 2006 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'18''86 | 494 | | | |
50m 36.76 (36.76) 100m 1:18.86 (42.10) [1:18.86] |
| 5 | Serra Rita Joao | 2006 | POR Vikings Sports Club | 01'20''36 | 467 | | | |
50m 37.70 (37.70) 100m 1:20.36 (42.66) [1:20.36] |
| 6 | Alves Maria Madalena | 2006 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'20''59 | 463 | | | |
50m 37.99 (37.99) 100m 1:20.59 (42.60) [1:20.59] |
| | Sa Madalena Correa | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'20''59 | 463 | | | |
50m 37.53 (37.53) 100m 1:20.59 (43.06) [1:20.59] |
| 8 | Lopes Matilde Nunes | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'20''63 | 462 | | | |
50m 37.61 (37.61) 100m 1:20.63 (43.02) [1:20.63] |
| 9 | Madeira Margarida Correia | 2006 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 01'21''08 | 454 | | | |
50m 38.52 (38.52) 100m 1:21.08 (42.56) [1:21.08] |
| 10 | Almeida Beatriz Matias | 2006 | POR Lagoa Academico Clube | 01'22''25 | 435 | | | |
50m 38.44 (38.44) 100m 1:22.25 (43.81) [1:22.25] |
| 11 | Alves Catarina Isabel | 2006 | POR Aminata-Evora Clube De Natacao | 01'23''11 | 422 | | | |
50m 38.78 (38.78) 100m 1:23.11 (44.33) [1:23.11] |
| 12 | Dias Salome Silva | 2006 | POR Ccd Pess. Camara Munic. Da Serta | 01'23''27 | 420 | | | |
50m 39.56 (39.56) 100m 1:23.27 (43.71) [1:23.27] |
| 13 | Caldes Ana Sofia | 2006 | POR Clube Elvense De Natacao | 01'23''60 | 415 | | | |
50m 39.03 (39.03) 100m 1:23.60 (44.57) [1:23.60] |
| 14 | Gama Beatriz Fernandes | 2006 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'24''20 | 406 | | | |
50m 39.82 (39.82) 100m 1:24.20 (44.38) [1:24.20] |
| 15 | Cabral Nuria Costa | 2006 | POR Clube Desportivo Escolar De Ponta Garca | 01'25''98 | 381 | | | |
50m 40.04 (40.04) 100m 1:25.98 (45.94) [1:25.98] |
| 16 | Couto Matilde Rodrigues | 2006 | POR Clube Desportivo Escolar De Ponta Garca | 01'34''29 | 289 | | | |
50m 44.89 (44.89) 100m 1:34.29 (49.40) [1:34.29] |
