| 1 | Liberato Alessandro | 2002 | Polisportiva Centrosport Brindisi | 00'26''78 | 571 |
| 2 | Dentico Christian | 2003 | CUS Bari | 00'27''01 | 556 |
| 3 | Colucci Andrea | 2001 | Nuotatori Pugliesi ASD | 00'27''04 | 554 |
| 4 | Pasculli Marco | 2001 | CUS Bari | 00'27''76 | 512 |
| 5 | Losappio Alessandro | 1996 | Mirage Nuoto Foggia | 00'27''82 | 509 |
| 6 | Gargiuolo Fabio | 2002 | Netium SSD - Giovinazzo | 00'28''99 | 450 |
| 7 | Renna Giovanni | 2004 | Piscina Impero ASD | 00'29''09 | 445 |
| 8 | Cazzato Federico | 2005 | Gestisport Coop SSD - Carugate | 00'29''23 | 439 |
| 9 | Cisternino Luca | 2001 | CUS Bari | 00'29''40 | 431 |
| 10 | Miacola Alessandro | 2000 | Sport Project SSD | 00'29''50 | 427 |
| 11 | Caldarola Christian | 2001 | XSporting SSD | 00'29''55 | 425 |
| 12 | Viggiani Giovanni Pio | 2006 | Aquarius Piscina Canosa | 00'29''87 | 411 |
| 13 | Petrelli Francesco Romano | 2003 | Feel Good SSD - Cellino San Marco | 00'29''95 | 408 |
| 14 | Gargiuolo Davide | 2005 | Netium SSD - Giovinazzo | 00'29''97 | 407 |
| 15 | Marangi Giovanni | 2001 | Albatros Sport Club SSD - Crispiano | 00'30''50 | 386 |
| 16 | Chiarappa Christian | 2003 | Airon Club Bio-Sport SSD | 00'30''64 | 381 |
| 17 | Pedone Giovanni | 2001 | Adriatika Nuoto SSD | 00'30''73 | 378 |
| 18 | Dinatale Alessandro Trifone | 2002 | Dharmha SSD ARL - Casamassima | 00'30''94 | 370 |
| 19 | Mango Giacomo Pio | 2004 | Piscina Impero ASD | 00'31''24 | 359 |
| 20 | Maiorano Francesco | 2005 | Icos Sporting Club | 00'31''43 | 353 |
| 21 | Saponaro Francesco | 2002 | Mediterranea Nuoto SSD - Grottaglie | 00'31''49 | 351 |
| 22 | Schiano Davide | 2002 | Albatros Sport Club SSD - Crispiano | 00'31''69 | 344 |
| 23 | Segreto Vincenzo | 2003 | Meridiana Nuoto Taranto SSD | 00'32''62 | 316 |
| 24 | Molinari Leonardo | 2005 | Piscine Paradise ASD | 00'32''67 | 314 |
| 25 | Desantis Giuseppe | 2006 | Nuova Pianeta Benessere SSD - Altamura | 00'32''72 | 313 |
| 26 | Castellaneta Vincenzo | 2004 | Piscine Paradise ASD | 00'32''96 | 306 |
| 27 | Scognamillo Dario | 2000 | CUS Bari | 00'33''05 | 303 |
| 28 | Miccolis Luca | 2004 | Mediterraneo Sport SSD - Taranto | 00'33''08 | 303 |
| 29 | Giulitto Biagio Giuseppe | 2006 | Sport Project SSD | 00'34''79 | 260 |
| 30 | Tagliente Gabriele | 2006 | Aquatika SSD - Martina Franca | 00'35''66 | 241 |
| 31 | Marseglia Jacopo | 2004 | Feel Good SSD - Cellino San Marco | 00'35''94 | 236 |
| 32 | Dell'Era Vito | 2005 | Nuova Pianeta Benessere SSD - Altamura | 00'37''03 | 216 |
| 33 | Marra Alessandro | 2006 | Adriatika Nuoto SSD | 00'37''20 | 213 |
| 34 | Disanto Gabriele | 2003 | Piscine Paradise ASD | 00'37''74 | 204 |
| 35 | Proto Antonio | 2006 | Dharmha SSD ARL - Casamassima | 00'37''77 | 203 |
| | Marino Antonio | 2003 | CUS Bari | Squalificato | |
| | Cancemi Antonino | 2006 | Piscine Paradise ASD | Squalificato | |
