| 1 | Pego Isabel Porfirio | 2001 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'59''83 | 645 |  |  | |
50m 29.09 (29.09) 100m 59.83 (30.74) [59.83] |
| 2 | Faria Ana Rita | 2000 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'59''97 | 641 | | | |
50m 29.03 (29.03) 100m 59.97 (30.94) [59.97] |
| 3 | Machado Luisa Maria | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 01'00''02 | 639 | | | |
50m 29.08 (29.08) 100m 1:00.02 (30.94) [1:00.02] |
| 4 | Castro Adriana Daniela | 1997 | POR Leixoes Sport Club | 01'00''24 | 632 | | | |
50m 29.22 (29.22) 100m 1:00.24 (31.02) [1:00.24] |
| 5 | Rodrigues Ana Margarida | 1996 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'00''36 | 628 | | | |
50m 29.42 (29.42) 100m 1:00.36 (30.94) [1:00.36] |
| 6 | Soares Catarina Silva | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'00''49 | 624 | | | |
50m 28.85 (28.85) 100m 1:00.49 (31.64) [1:00.49] |
| 7 | Neves Carolina Marques | 2001 | POR Clube De Natacao De Torres Novas | 01'00''58 | 621 | | | |
50m 29.51 (29.51) 100m 1:00.58 (31.07) [1:00.58] |
| 8 | Cabral Maria Francisca | 2000 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'00''62 | 620 | | | |
50m 29.08 (29.08) 100m 1:00.62 (31.54) [1:00.62] |
| 9 | Moreira Matilde Freitas | 2001 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'00''84 | 613 | | | |
50m 29.38 (29.38) 100m 1:00.84 (31.46) [1:00.84] |
| 10 | Rolao Sofia Alexandra | 1998 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'00''97 | 610 | | | |
50m 29.19 (29.19) 100m 1:00.97 (31.78) [1:00.97] |
| 11 | Pinto Mafalda Marques | 2002 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'01''27 | 601 | | | |
50m 29.53 (29.53) 100m 1:01.27 (31.74) [1:01.27] |
| 12 | Rodrigues Helena Nunes | 2003 | POR Sport Alges E Agueda | 01'01''39 | 597 | | | |
50m 29.50 (29.50) 100m 1:01.39 (31.89) [1:01.39] |
| 13 | Amador Joana Costa | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'01''52 | 593 | | | |
50m 29.42 (29.42) 100m 1:01.52 (32.10) [1:01.52] |
| 14 | Frazao Alexandra Couto | 2002 | POR Condeixa Aqua Clube | 01'01''53 | 593 | | | |
50m 29.83 (29.83) 100m 1:01.53 (31.70) [1:01.53] |
| 15 | Tejo Beatriz Costa | 2002 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'02''14 | 576 | | | |
50m 29.68 (29.68) 100m 1:02.14 (32.46) [1:02.14] |
| 16 | Rebelo Beatriz Vaz | 2003 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'02''18 | 575 | | | |
50m 29.71 (29.71) 100m 1:02.18 (32.47) [1:02.18] |
| 17 | Machado Joana Sofia | 2002 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'02''35 | 570 | | | |
50m 29.73 (29.73) 100m 1:02.35 (32.62) [1:02.35] |
| 18 | Soares Carolina Silva | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'02''46 | 567 | | | |
50m 30.17 (30.17) 100m 1:02.46 (32.29) [1:02.46] |
| 19 | Peixeira Filipa Ramos | 2003 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'02''48 | 566 | | | |
50m 29.72 (29.72) 100m 1:02.48 (32.76) [1:02.48] |
| 20 | Jesus Maria Crista | 2003 | POR Louletano Desportos Clube | 01'02''69 | 561 | | | |
50m 29.88 (29.88) 100m 1:02.69 (32.81) [1:02.69] |
| 21 | Santos Ana Pedro | 2002 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'02''70 | 560 | | | |
50m 29.92 (29.92) 100m 1:02.70 (32.78) [1:02.70] |
| 22 | Ramos Ines Asseiceira | 2003 | POR Clube De Natacao De Torres Novas | 01'02''82 | 557 | | | |
50m 30.56 (30.56) 100m 1:02.82 (32.26) [1:02.82] |
| 23 | Pinheiro Ines Mariana | 2003 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'03''10 | 550 | | | |
50m 30.11 (30.11) 100m 1:03.10 (32.99) [1:03.10] |
| 24 | Neves Leonor Maria | 2003 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'03''72 | 534 | | | |
50m 30.85 (30.85) 100m 1:03.72 (32.87) [1:03.72] |
