| 1 | Pires Catarina Gaspar | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'38''05 | 483 |  |  | |
100m 1:17.15 (1:17.15) [1:17.15] 200m 2:38.05 [1:20.90] |
| 2 | Costa Daniela Alexandra | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'38''83 | 476 | | | |
100m 1:16.72 (1:16.72) [1:16.72] 200m 2:38.83 [1:22.11] |
| 3 | Pinto Joana Filipa | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'40''13 | 465 | | | |
100m 1:18.93 (1:18.93) [1:18.93] 200m 2:40.13 [1:21.20] |
| 4 | Souto Carolina Soares | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'45''41 | 421 | | | |
100m 1:20.91 (1:20.91) [1:20.91] 200m 2:45.41 [1:24.50] |
| 5 | Ferreira Ana Martim | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'50''82 | 383 | | | |
100m 1:23.51 (1:23.51) [1:23.51] 200m 2:50.82 [1:27.31] |
| 6 | Silva Maria Santos | 2006 | POR Clube Naval Povoense | 02'51''50 | 378 | | | |
100m 1:24.62 (1:24.62) [1:24.62] 200m 2:51.50 [1:26.88] |
| 7 | Vale Ines Barbosa | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'51''55 | 378 | | | |
100m 1:23.59 (1:23.59) [1:23.59] 200m 2:51.55 [1:27.96] |
| 8 | Mendes Ines Gomes | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'53''39 | 366 | | | |
100m 1:25.56 (1:25.56) [1:25.56] 200m 2:53.39 [1:27.83] |
| 9 | Pereira Sophia Szrek | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'53''52 | 365 | | | |
100m 1:23.99 (1:23.99) [1:23.99] 200m 2:53.52 [1:29.53] |
| 10 | Chyzh Carina | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 02'53''94 | 362 | | | |
100m 1:24.86 (1:24.86) [1:24.86] 200m 2:53.94 [1:29.08] |
| 11 | Fernandes Mariana Fontes | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'54''38 | 360 | | | |
100m 1:25.18 (1:25.18) [1:25.18] 200m 2:54.38 [1:29.20] |
| 12 | Sa Maria Luis | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'55''20 | 355 | | | |
100m 1:26.30 (1:26.30) [1:26.30] 200m 2:55.20 [1:28.90] |
| 13 | Martins Ana Rita | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'57''18 | 343 | | | |
100m 1:26.58 (1:26.58) [1:26.58] 200m 2:57.18 [1:30.60] |
| 14 | Goncalves Cristina Moreira | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'58''51 | 335 | | | |
100m 1:29.00 (1:29.00) [1:29.00] 200m 2:58.51 [1:29.51] |
| 15 | Magalhaes Maria Joao | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 03'04''69 | 303 | | | |
100m 1:27.61 (1:27.61) [1:27.61] 200m 3:04.69 [1:37.08] |
| 16 | Ribas Ema Monteiro | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'04''86 | 302 | | | |
100m 1:28.63 (1:28.63) [1:28.63] 200m 3:04.86 [1:36.23] |
| 17 | Amaral Joana Franco | 2006 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 03'08''30 | 285 | | | |
100m 1:33.63 (1:33.63) [1:33.63] 200m 3:08.30 [1:34.67] |
| 18 | Gomes Maria Beatriz | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 03'09''46 | 280 | | | |
100m 1:33.67 (1:33.67) [1:33.67] 200m 3:09.46 [1:35.79] |
| 19 | Maia Ariana Pinto | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 03'27''23 | 214 | | | |
100m 1:42.84 (1:42.84) [1:42.84] 200m 3:27.23 [1:44.39] |
| 20 | Morais Mara Luciana | 2006 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 03'56''90 | 143 | | | |
100m 1:53.30 (1:53.30) [1:53.30] 200m 3:56.90 [2:03.60] |
