| 1 | Pereira Rodrigo Ferreira | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'35''58 | 393 |  |  | |
100m 1:15.77 (1:15.77) [1:15.77] 200m 2:35.58 [1:19.81] |
| 2 | Silva Francisco Araujo | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'40''03 | 361 | | | |
100m 1:16.53 (1:16.53) [1:16.53] 200m 2:40.03 [1:23.50] |
| 3 | Ribeiro Joao Nogueira | 2006 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 02'40''35 | 359 | | | |
100m 1:16.56 (1:16.56) [1:16.56] 200m 2:40.35 [1:23.79] |
| 4 | Cunha Eduardo Pacheco | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'40''47 | 358 | | | |
100m 1:16.73 (1:16.73) [1:16.73] 200m 2:40.47 [1:23.74] |
| 5 | Costa Tomas Mendes | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'40''50 | 358 | | | |
100m 1:19.27 (1:19.27) [1:19.27] 200m 2:40.50 [1:21.23] |
| 6 | Santos Rui Miguel Lucas | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'40''65 | 357 | | | |
100m 1:19.02 (1:19.02) [1:19.02] 200m 2:40.65 [1:21.63] |
| 7 | Lourenco Francisco Campos | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'43''94 | 336 | | | |
100m 1:18.23 (1:18.23) [1:18.23] 200m 2:43.94 [1:25.71] |
| 8 | Ramos Gustavo Gomes | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'44''46 | 333 | | | |
100m 1:15.62 (1:15.62) [1:15.62] 200m 2:44.46 [1:28.84] |
| 9 | Lopes Marco Oliveira | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 02'45''00 | 329 | | | |
100m 1:18.13 (1:18.13) [1:18.13] 200m 2:45.00 [1:26.87] |
| 10 | Castro Vasco Monteiro | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'45''87 | 324 | | | |
100m 1:17.54 (1:17.54) [1:17.54] 200m 2:45.87 [1:28.33] |
| 11 | Barros Joao Carlos | 2006 | POR Associacao Tubaroes De Gaia | 02'47''59 | 314 | | | |
100m 1:19.38 (1:19.38) [1:19.38] 200m 2:47.59 [1:28.21] |
| 12 | Conceicao Rodrigo Santos | 2006 | POR Clube Naval Povoense | 02'48''39 | 310 | | | |
100m 1:17.41 (1:17.41) [1:17.41] 200m 2:48.39 [1:30.98] |
| 13 | Oliveira Tomas Ferreira | 2006 | POR Clube De Natacao Da Maia | 02'48''51 | 309 | | | |
100m 1:19.47 (1:19.47) [1:19.47] 200m 2:48.51 [1:29.04] |
| 14 | Pereira Pedro Santos | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'49''83 | 302 | | | |
100m 1:21.53 (1:21.53) [1:21.53] 200m 2:49.83 [1:28.30] |
| 15 | Ferreira Tiago Carvalho | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'51''65 | 292 | | | |
100m 1:21.33 (1:21.33) [1:21.33] 200m 2:51.65 [1:30.32] |
| 16 | Calhandro Guilherme Oliveira | 2006 | POR Clube De Natacao Da Maia | 02'51''67 | 292 | | | |
100m 1:24.62 (1:24.62) [1:24.62] 200m 2:51.67 [1:27.05] |
| 17 | Pinto Romulo Neves | 2006 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 02'51''73 | 292 | | | |
100m 1:21.53 (1:21.53) [1:21.53] 200m 2:51.73 [1:30.20] |
| 18 | Neves Dinis Soares | 2006 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 02'52''03 | 291 | | | |
100m 1:24.03 (1:24.03) [1:24.03] 200m 2:52.03 [1:28.00] |
| 19 | Magalhaes Goncalo Sa | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'53''85 | 281 | | | |
100m 1:21.74 (1:21.74) [1:21.74] 200m 2:53.85 [1:32.11] |
| 20 | Carneiro Jose Pedro | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 02'55''09 | 276 | | | |
100m 1:24.70 (1:24.70) [1:24.70] 200m 2:55.09 [1:30.39] |
| 21 | Loureiro Bruno Silva | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 02'55''79 | 272 | | | |
100m 1:23.78 (1:23.78) [1:23.78] 200m 2:55.79 [1:32.01] |
| 22 | Costa Pedro Henrique | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 02'56''20 | 270 | | | |
100m 1:24.75 (1:24.75) [1:24.75] 200m 2:56.20 [1:31.45] |
| 23 | Sampaio Francisco Manuel | 2006 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 02'56''49 | 269 | | | |
100m 1:26.69 (1:26.69) [1:26.69] 200m 2:56.49 [1:29.80] |
| 24 | Goncalves Manuel Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 02'57''70 | 264 | | | |
100m 1:20.67 (1:20.67) [1:20.67] 200m 2:57.70 [1:37.03] |
| 25 | Leal Manuel Joaquim | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 02'57''76 | 263 | | | |
100m 1:25.28 (1:25.28) [1:25.28] 200m 2:57.76 [1:32.48] |
| 26 | Pacheco Afonso Azevedo | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 02'57''81 | 263 | | | |
100m 1:23.73 (1:23.73) [1:23.73] 200m 2:57.81 [1:34.08] |
| 27 | Machado Tiago Manuel | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 02'58''73 | 259 | | | |
100m 1:25.75 (1:25.75) [1:25.75] 200m 2:58.73 [1:32.98] |
| 28 | Pereira Tiago Marques | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 02'59''35 | 256 | | | |
100m 1:22.75 (1:22.75) [1:22.75] 200m 2:59.35 [1:36.60] |
| 29 | Silva Francisco Barbosa | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 03'00''63 | 251 | | | |
100m 1:28.64 (1:28.64) [1:28.64] 200m 3:00.63 [1:31.99] |
| 30 | Goncalves Martim Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 03'00''96 | 250 | | | |
100m 1:26.98 (1:26.98) [1:26.98] 200m 3:00.96 [1:33.98] |
| 31 | Alves Joao Pedro | 2006 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 03'03''02 | 241 | | | |
100m 1:26.79 (1:26.79) [1:26.79] 200m 3:03.02 [1:36.23] |
| 32 | Cabral Afonso Magalhaes | 2006 | POR Leixoes Sport Club | 03'04''63 | 235 | | | |
100m 1:26.68 (1:26.68) [1:26.68] 200m 3:04.63 [1:37.95] |
| 33 | Igreja Pedro Roque | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 03'05''00 | 233 | | | |
100m 1:34.15 (1:34.15) [1:34.15] 200m 3:05.00 [1:30.85] |
| 34 | Silva Guilherme Ramos | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 03'07''49 | 224 | | | |
100m 1:32.24 (1:32.24) [1:32.24] 200m 3:07.49 [1:35.25] |
| 35 | Flores Andre Alves | 2006 | POR Clube Naval Povoense | 03'07''76 | 223 | | | |
100m 1:28.90 (1:28.90) [1:28.90] 200m 3:07.76 [1:38.86] |
| 36 | Nunes Pedro Goncalves | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 03'08''31 | 221 | | | |
100m 1:33.58 (1:33.58) [1:33.58] 200m 3:08.31 [1:34.73] |
| 37 | Barros Afonso Dinis | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 03'11''93 | 209 | | | |
100m 1:37.98 (1:37.98) [1:37.98] 200m 3:11.93 [1:33.95] |
| 38 | Santos Frederico Silva | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 03'12''23 | 208 | | | |
100m 1:33.24 (1:33.24) [1:33.24] 200m 3:12.23 [1:38.99] |
| 39 | Martins Duarte Traila | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 03'17''06 | 193 | | | |
100m 1:37.81 (1:37.81) [1:37.81] 200m 3:17.06 [1:39.25] |
| 40 | Ferreira Helder Henrique | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 03'18''34 | 189 | | | |
100m 1:39.67 (1:39.67) [1:39.67] 200m 3:18.34 [1:38.67] |
| 41 | Dias Afonso Figueiredo | 2006 | POR Clube De Natacao De Valongo | 03'26''18 | 169 | | | |
100m 1:42.59 (1:42.59) [1:42.59] 200m 3:26.18 [1:43.59] |
| 42 | Teixeira Hugo Filipe | 2006 | POR Associacao Tubaroes De Gaia | 03'26''37 | 168 | | | |
100m 1:39.16 (1:39.16) [1:39.16] 200m 3:26.37 [1:47.21] |
| 43 | Gomes Miguel Cunha | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | 03'27''51 | 165 | | | |
100m 1:46.97 (1:46.97) [1:46.97] 200m 3:27.51 [1:40.54] |
| | Rocha Miguel Azevedo | 2006 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | Squalificato | |
| | Fonseca Diogo Moura | 2006 | POR Clube Fluvial Portuense | Squalificato | |
| | Fernandes Leonardo Freitas | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | Squalificato | |
