| 1 | Jorge Pedro Crispim | 2006 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 02'24''28 | 326 |  |  | |
50m 34.34 (34.34) 100m 1:11.65 (37.31) [1:11.65] 200m 2:24.28 [1:12.63] |
| 2 | Bonniz Pedro Goncalves | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 02'24''57 | 324 | | | |
50m 33.26 (33.26) 100m 1:11.60 (38.34) [1:11.60] 200m 2:24.57 [1:12.97] |
| 3 | Almeida Afonso Silvestre De Almeida | 2006 | POR Clube Natacao Da Amadora | 02'26''44 | 312 | | | |
50m 33.87 (33.87) 100m 1:12.22 (38.35) [1:12.22] 200m 2:26.44 [1:14.22] |
| 4 | Roque Tomas Nunes | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 02'26''54 | 311 | | | |
50m 34.51 (34.51) 100m 1:11.95 (37.44) [1:11.95] 200m 2:26.54 [1:14.59] |
| 5 | Alves Andre Correia | 2006 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 02'26''75 | 310 | | | |
50m 35.04 (35.04) 100m 1:13.63 (38.59) [1:13.63] 200m 2:26.75 [1:13.12] |
| 6 | Fonseca Jose Diogo | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 02'27''82 | 303 | | | |
50m 34.00 (34.00) 100m 1:11.91 (37.91) [1:11.91] 200m 2:27.82 [1:15.91] |
| 7 | Morais David Miguel | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 02'28''81 | 297 | | | |
50m 35.18 (35.18) 100m 1:13.18 (38.00) [1:13.18] 200m 2:28.81 [1:15.63] |
| 8 | Baptista Guilherme Fernandes | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 02'30''07 | 290 | | | |
50m 39.12 (39.12) 100m 1:13.87 (34.75) [1:13.87] 200m 2:30.07 [1:16.20] |
| 9 | Figueira Diogo Morgado | 2006 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 02'31''50 | 282 | | | |
50m 35.13 (35.13) 100m 1:14.12 (38.99) [1:14.12] 200m 2:31.50 [1:17.38] |
| 10 | Gomes Joao Almeida | 2006 | POR Clube Nacional De Natacao | 02'32''50 | 276 | | | |
50m 35.55 (35.55) 100m 1:15.00 (39.45) [1:15.00] 200m 2:32.50 [1:17.50] |
| 11 | Pissarra Rodrigo Figueiredo | 2006 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 02'33''45 | 271 | | | |
50m 34.42 (34.42) 100m 1:13.64 (39.22) [1:13.64] 200m 2:33.45 [1:19.81] |
| 12 | Rodrigo Augusto Piteira Maio | 2006 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 02'34''07 | 268 | | | |
50m 35.76 (35.76) 100m 1:15.83 (40.07) [1:15.83] 200m 2:34.07 [1:18.24] |
| 13 | Correia Tiago Almeida | 2006 | POR Clube Natacao Do Montijo | 02'34''23 | 267 | | | |
50m 36.15 (36.15) 100m 1:15.87 (39.72) [1:15.87] 200m 2:34.23 [1:18.36] |
| 14 | Januario Tomas Maia | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 02'35''22 | 262 | | | |
50m 34.58 (34.58) 100m 1:13.74 (39.16) [1:13.74] 200m 2:35.22 [1:21.48] |
| 15 | Pimentel Pedro Miguel | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 02'35''92 | 258 | | | |
50m 35.32 (35.32) 100m 1:15.86 (40.54) [1:15.86] 200m 2:35.92 [1:20.06] |
| 16 | Silvestre Manuel Faria | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 02'36''66 | 255 | | | |
50m 35.14 (35.14) 100m 1:14.45 (39.31) [1:14.45] 200m 2:36.66 [1:22.21] |
| 17 | Silva Tiago Nunes | 2006 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 02'38''35 | 247 | | | |
50m 33.94 (33.94) 100m 1:13.97 (40.03) [1:13.97] 200m 2:38.35 [1:24.38] |
| 18 | Antunes Martim Barata | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 02'38''65 | 245 | | | |
50m 35.05 (35.05) 100m 1:14.40 (39.35) [1:14.40] 200m 2:38.65 [1:24.25] |
| 19 | Simoes Manuel Costa | 2006 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 02'40''52 | 237 | | | |
50m 36.41 (36.41) 100m 1:17.56 (41.15) [1:17.56] 200m 2:40.52 [1:22.96] |
| 20 | Ramos Goncalo Albino | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 02'41''42 | 233 | | | |
50m 37.85 (37.85) 100m 1:18.63 (40.78) [1:18.63] 200m 2:41.42 [1:22.79] |
| 21 | Fonseca Martim Carvalho | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 02'41''44 | 233 | | | |
50m 36.24 (36.24) 100m 1:18.39 (42.15) [1:18.39] 200m 2:41.44 [1:23.05] |
| 22 | Clemente Dinis Oliveira | 2006 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 02'41''53 | 232 | | | |
50m 37.99 (37.99) 100m 1:18.72 (40.73) [1:18.72] 200m 2:41.53 [1:22.81] |
| 23 | Chao Tiago Ventura | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 02'41''95 | 231 | | | |
50m 36.70 (36.70) 100m 1:18.10 (41.40) [1:18.10] 200m 2:41.95 [1:23.85] |
| 24 | Parelho Tomas Leal | 2006 | POR Clube Natacao Do Montijo | 02'43''51 | 224 | | | |
50m 37.82 (37.82) 100m 1:20.22 (42.40) [1:20.22] 200m 2:43.51 [1:23.29] |
| 25 | Beato Rafael Duarte | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 02'44''45 | 220 | | | |
50m 37.79 (37.79) 100m 1:21.28 (43.49) [1:21.28] 200m 2:44.45 [1:23.17] |
| 26 | Monteiro Antonio Maria | 2006 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 02'44''70 | 219 | | | |
50m 38.20 (38.20) 100m 1:21.49 (43.29) [1:21.49] 200m 2:44.70 [1:23.21] |
| 27 | Venceslau Diogo Lopes | 2006 | POR Palmela Desporto Eem | 02'45''25 | 217 | | | |
50m 37.45 (37.45) 100m 1:19.43 (41.98) [1:19.43] 200m 2:45.25 [1:25.82] |
| 28 | Palare Rodrigo Franco | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 02'47''75 | 207 | | | |
50m 38.90 (38.90) 100m 1:24.25 (45.35) [1:24.25] 200m 2:47.75 [1:23.50] |
| 29 | Caetano Andre Monteiro | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 02'48''95 | 203 | | | |
50m 39.00 (39.00) 100m 1:23.10 (44.10) [1:23.10] 200m 2:48.95 [1:25.85] |
| 30 | Morao Simao Barros | 2006 | POR Sport Alges E Dafundo | 02'49''67 | 200 | | | |
50m 38.48 (38.48) 100m 1:22.39 (43.91) [1:22.39] 200m 2:49.67 [1:27.28] |
| 31 | Rodrigues Joao Pedro | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 02'51''91 | 193 | | | |
50m 30.16 (30.16) 100m 1:22.98 (52.82) [1:22.98] 200m 2:51.91 [1:28.93] |
| 32 | Walker Vicente Correa | 2006 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 02'52''11 | 192 | | | |
50m 39.23 (39.23) 100m 1:23.66 (44.43) [1:23.66] 200m 2:52.11 [1:28.45] |
| 33 | Ferreira David Joao | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 02'53''25 | 188 | | | |
50m 37.99 (37.99) 100m 1:21.56 (43.57) [1:21.56] 200m 2:53.25 [1:31.69] |
| 34 | Costa Goncalo Alves | 2006 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 02'53''69 | 187 | | | |
50m 39.54 (39.54) 100m 1:24.19 (44.65) [1:24.19] 200m 2:53.69 [1:29.50] |
| 35 | Paulino Martim Frederico | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 02'56''37 | 178 | | | |
50m 39.79 (39.79) 100m 1:24.36 (44.57) [1:24.36] 200m 2:56.37 [1:32.01] |
| 36 | Cardoso Tomas Barreiros | 2006 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 02'56''87 | 177 | | | |
50m 40.78 (40.78) 100m 1:26.75 (45.97) [1:26.75] 200m 2:56.87 [1:30.12] |
| 37 | Jesus Guilherme Sousa | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 03'03''91 | 157 | | | |
50m 40.89 (40.89) 100m 1:28.76 (47.87) [1:28.76] 200m 3:03.91 [1:35.15] |
| 38 | Fribergh Timothy Michael | 2006 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 03'05''40 | 153 | | | |
50m 41.90 (41.90) 100m 1:29.35 (47.45) [1:29.35] 200m 3:05.40 [1:36.05] |
| 39 | Franco Francisco Martim | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 03'05''48 | 153 | | | |
50m 40.89 (40.89) 100m 1:29.16 (48.27) [1:29.16] 200m 3:05.48 [1:36.32] |
| 40 | Carvalho Antonio Duarte | 2006 | POR Sport Alges E Dafundo | 03'05''67 | 153 | | | |
50m 41.82 (41.82) 100m 1:31.57 (49.75) [1:31.57] 200m 3:05.67 [1:34.10] |
| 41 | Torres Martim Daniel | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 03'08''30 | 146 | | | |
50m 41.26 (41.26) 100m 1:29.19 (47.93) [1:29.19] 200m 3:08.30 [1:39.11] |
| 42 | Carvalho Afonso Silva | 2006 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 03'11''55 | 139 | | | |
50m 40.11 (40.11) 100m 1:30.61 (50.50) [1:30.61] 200m 3:11.55 [1:40.94] |
| 43 | Moreira Joao Miguel | 2006 | POR Sport Alges E Dafundo | 03'11''86 | 138 | | | |
50m 42.06 (42.06) 100m 1:31.57 (49.51) [1:31.57] 200m 3:11.86 [1:40.29] |
