| 1 | Baptista Guilherme Fernandes | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'15''37 | 259 |
| 2 | Morais David Miguel | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'15''72 | 256 |
| 3 | Correia Tiago Almeida | 2006 | POR Clube Natacao Do Montijo | 01'18''42 | 230 |
| 4 | Pissarra Rodrigo Figueiredo | 2006 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 01'18''62 | 228 |
| 5 | Gomes Joao Almeida | 2006 | POR Clube Nacional De Natacao | 01'20''02 | 216 |
| 6 | Bonniz Pedro Goncalves | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'20''31 | 214 |
| 7 | Figueira Diogo Morgado | 2006 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 01'20''36 | 214 |
| 8 | Gavea Guilherme Santos | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'22''22 | 199 |
| 9 | Serrao Tiago Miguel | 2006 | POR Grupo Desportivo Sesimbra | 01'22''52 | 197 |
| 10 | Pimentel Pedro Miguel | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'22''89 | 195 |
| 11 | Jorge Pedro Crispim | 2006 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 01'24''66 | 183 |
| 12 | Antunes Martim Barata | 2006 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'26''67 | 170 |
| 13 | Fonseca Martim Carvalho | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 01'27''42 | 166 |
| 14 | Chao Tiago Ventura | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 01'28''39 | 160 |
| 15 | Semedo Leandro Carvalho | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'28''42 | 160 |
| 16 | Neto Ricardo Freitas | 2006 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'28''61 | 159 |
| 17 | Figueiredo Luis Pedro | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'28''62 | 159 |
| 18 | Raposo Duarte Rocha | 2006 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'29''60 | 154 |
| 19 | Ramos Goncalo Albino | 2006 | POR Clube Naval Setubalense | 01'29''78 | 153 |
| 20 | Palare Rodrigo Franco | 2006 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'30''08 | 152 |
| 21 | Herrero Miguel Mera | 2006 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'31''34 | 145 |
| 22 | Simoes Manuel Costa | 2006 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'31''72 | 144 |
| 23 | Beato Rafael Duarte | 2006 | POR Municipio De Odivelas | 01'39''66 | 112 |
