| 1 | Pelaio Jose Pedro | 2001 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'55''64 | 526 |  |  | |
50m 26.53 (26.53) 100m 55.64 (29.11) [55.64] |
| 2 | Oliveira David Miguel | 2001 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 00'56''35 | 507 | | | |
50m 27.29 (27.29) 100m 56.35 (29.06) [56.35] |
| 3 | Paiva Ruben Silva | 2000 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'57''81 | 469 | | | |
50m 27.14 (27.14) 100m 57.81 (30.67) [57.81] |
| 4 | Duarte Jorge Antonio | 2000 | POR Associacao Desportiva Sanjoanense/Fepsa | 00'58''68 | 449 | | | |
50m 28.16 (28.16) 100m 58.68 (30.52) [58.68] |
| 5 | Lopes Miguel Sanches | 2001 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 00'58''75 | 447 | | | |
50m 27.83 (27.83) 100m 58.75 (30.92) [58.75] |
| 6 | Vaz Miguel Marques | 2000 | POR Sporting Clube De Espinho | 00'59''84 | 423 | | | |
50m 28.56 (28.56) 100m 59.84 (31.28) [59.84] |
| 7 | Guimaraes Francisco Miguel | 2001 | POR Associacao Desportiva Sanjoanense/Fepsa | 01'00''29 | 414 | | | |
50m 28.80 (28.80) 100m 1:00.29 (31.49) [1:00.29] |
| 8 | Silva Pedro Torres | 2000 | POR Clube Desportivo De Estarreja | 01'02''77 | 366 | | | |
50m 29.99 (29.99) 100m 1:02.77 (32.78) [1:02.77] |
| 9 | Gruby Igor | 2001 | POR Associacao Desportiva Sanjoanense/Fepsa | 01'03''42 | 355 | | | |
50m 30.09 (30.09) 100m 1:03.42 (33.33) [1:03.42] |
| 10 | Rainho David Andrade | 2001 | POR Clube Desportivo De Campinho | 01'06''20 | 312 | | | |
50m 31.47 (31.47) 100m 1:06.20 (34.73) [1:06.20] |
| 11 | Dias Daniel Sousa | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'07''06 | 300 | | | |
50m 31.82 (31.82) 100m 1:07.06 (35.24) [1:07.06] |
| 12 | Duarte Pedro Filipe | 2001 | POR Associacao Desportiva Sanjoanense/Fepsa | 01'07''65 | 293 | | | |
50m 31.95 (31.95) 100m 1:07.65 (35.70) [1:07.65] |
| 13 | Oliveira Antonio Francisco | 2000 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 01'11''32 | 250 | | | |
50m 34.69 (34.69) 100m 1:11.32 (36.63) [1:11.32] |
