| 1 | Grou Beatriz Sousa | 1996 | POR Tavira Natacao Clube | 00'32''18 | 886,26 |
| 2 | Pires Carolina Saraiva | 1996 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 00'32''82 | 868,98 |
| 3 | Lousa Irina Filipa | 1995 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'33''17 | 859,81 |
| 4 | Rolim Soraia Guerra | 1995 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 00'33''71 | 846,04 |
| 5 | Goncalves Flavia Daniela | 1996 | POR Sporting Clube Caminhense | 00'34''44 | 828,11 |
| 6 | Barata Debora Francisca | 1998 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto Povoa De Santa Iria | 00'34''54 | 825,71 |
| 7 | Monteiro Patricia Cabral | 1999 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'34''71 | 821,67 |
| 8 | Paulino Bruna Elisabete | 1997 | POR Clube De Natacao De Alcobaca | 00'34''96 | 815,79 |
| 9 | Guimaraes Joana Margarida | 1995 | POR Obidos Criativa, Eem | 00'35''16 | 811,15 |
| 10 | Andrade Filipa Oliveira | 1997 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'35''66 | 799,78 |
| 11 | Joaquim Joana Varela | 1997 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'36''38 | 783,95 |
| 12 | Fontoura Violante Pascoal | 1997 | POR Clip Teams Associacao Desportiva | 00'37''02 | 770,39 |
| 13 | Alves Carla Luisa | 1998 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'38''26 | 745,43 |
| 14 | Oliveira Ana Alexandra | 1999 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'38''48 | 741,16 |
| 15 | Teixeira Ana Catarina | 1995 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'38''93 | 732,60 |
| 16 | Goncalves Francisca Isabel | 1998 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'43''72 | 652,33 |
| 17 | Rodrigues Ines Florencio | 1997 | POR Viana Natacao Clube | 00'45''15 | 631,67 |
| | Silva Ines Ferreira | 1997 | POR Clube Fluvial Vilacondense | Squalificato | |
