| 1 | Mateus Diogo Garcez | 2002 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'57''77 | 535 |
| 2 | Souza Francisco Alves | 2002 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 00'58''66 | 511 |
| 3 | Mendes Joao Nogueira | 2002 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 00'58''70 | 510 |
| 4 | Garcia Pedro Picoto | 2002 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 00'59''07 | 500 |
| 5 | Dias Rodrigo Reis | 2003 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'59''55 | 488 |
| 6 | Colaco Joao Maria | 2003 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'59''70 | 485 |
| 7 | Malfeito Martim Rebelo | 2002 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'00''05 | 476 |
| 8 | Ferreira Ricardo Martins | 2003 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'00''36 | 469 |
| 9 | Vale David Manuel | 2003 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'00''91 | 456 |
| 10 | Valente Henrique Pinheiro | 2003 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 01'00''97 | 455 |
| 11 | Correia Pedro Henriques | 2003 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'01''11 | 452 |
| 12 | Santos Joao Ricardo | 2002 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 01'01''28 | 448 |
| 13 | Tome Afonso Esteves | 2003 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 01'01''33 | 447 |
| 14 | Cruz Henrique Rodrigues | 2002 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 01'01''68 | 439 |
| 15 | Zayika Daniel Shumeika | 2003 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'01''69 | 439 |
| 16 | Duarte Pedro Esteves | 2003 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 01'01''76 | 438 |
| 17 | Barreto Simao Castro | 2002 | POR Avancado Eulx Ccdesp | 01'02''19 | 429 |
| 18 | Manz Guilherme Carmo | 2003 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 01'02''20 | 428 |
| 19 | Freitas Claudio Bularu | 2002 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 01'02''28 | 427 |
| 20 | Sousa Andre Martins | 2003 | POR Clube Natacao Do Montijo | 01'02''29 | 427 |
| 21 | Santos Goncalo Feliciano | 2003 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'04''00 | 393 |
| 22 | Almeida Goncalo Vieira | 2003 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 01'04''02 | 393 |
| 23 | Cruz Joao Luis | 2002 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 01'04''27 | 388 |
| 24 | Fidalgo Joao Matos | 2003 | POR Sport Lisboa E Benfica | 01'05''70 | 363 |
| 25 | Rodrigues Goncalo Miguel | 2003 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 01'06''39 | 352 |
| 26 | Gamito Rodrigo Gomes | 2002 | POR Palmela Desporto Eem | 01'06''57 | 349 |
| | Parente Salvador Ataide | 2003 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | Squalificato | |
