| 1 | Santo Rodrigo Ferreira | 1977 | POR Sporting Clube De Portugal | 01'22''26 | 781,06 |  |  | |
50m 38.05 (38.05) 100m 1:22.26 (44.21) [1:22.26] |
| 2 | Silva Jorge Miguel | 1976 | POR Clube De Natacao De Lisboa | 01'23''15 | 772,70 | | | |
50m 39.83 (39.83) 100m 1:23.15 (43.32) [1:23.15] |
| 3 | Calha Ivo Claudino | 1977 | POR Associacao Desportiva Rec Colegio Int Monte Maior | 01'27''64 | 733,11 | | | |
50m 41.40 (41.40) 100m 1:27.64 (46.24) [1:27.64] |
| 4 | Rocha Andre Rosado | 1978 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'28''63 | 724,92 | | | |
50m 40.45 (40.45) 100m 1:28.63 (48.18) [1:28.63] |
| 5 | Cunha Tiago Filipe | 1976 | POR Gan Grupo Amigos Natacao | 01'31''60 | 701,42 | | | |
50m 43.45 (43.45) 100m 1:31.60 (48.15) [1:31.60] |
| 6 | Lima Joao Pedro | 1977 | POR Gan Grupo Amigos Natacao | 01'34''58 | 679,32 | | | |
50m 45.09 (45.09) 100m 1:34.58 (49.49) [1:34.58] |
| 7 | Rodrigues Rui Gaspar Pedro | 1978 | POR Ccd Associacao De Nadadores Dos Estoris | 01'36''09 | 668,64 | | | |
50m 44.76 (44.76) 100m 1:36.09 (51.33) [1:36.09] |
| 8 | Afonso Nuno Silva | 1979 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'41''98 | 630,03 | | | |
50m 48.89 (48.89) 100m 1:41.98 (53.09) [1:41.98] |
| | Saez Bruno Cena | 1978 | POR Lisboa Poolsharks | Squalificato | |
| | Goncalves Nuno Telmo | 1977 | POR Sporting Clube De Portugal | Squalificato | |
