| 1 | Silva Francisco Araujo | 2006 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'59''80 | 651 |  |  | |
50m 29.60 (29.60) 100m 59.80 (30.20) [59.80] |
| 2 | Rocha Ricardo Filipe | 2002 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'01''40 | 602 | | | |
50m 29.98 (29.98) 100m 1:01.40 (31.42) [1:01.40] |
| 3 | Cunha Rodrigo Manuel | 2004 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'01''78 | 591 | | | |
50m 29.50 (29.50) 100m 1:01.78 (32.28) [1:01.78] |
| 4 | Zenza Francisco Manuel | 2001 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'02''79 | 563 | | | |
50m 30.04 (30.04) 100m 1:02.79 (32.75) [1:02.79] |
| 5 | Kobayashi Bruno Shinji | 2002 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'03''33 | 548 | | | |
50m 30.68 (30.68) 100m 1:03.33 (32.65) [1:03.33] |
| 6 | Lourenco Tiago Campos | 2002 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'03''46 | 545 | | | |
50m 30.67 (30.67) 100m 1:03.46 (32.79) [1:03.46] |
| 7 | Canelas Pedro Nuno | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'03''60 | 541 | | | |
50m 30.96 (30.96) 100m 1:03.60 (32.64) [1:03.60] |
| 8 | Carvalho Artur Guterres | 2006 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'04''04 | 530 | | | |
50m 30.68 (30.68) 100m 1:04.04 (33.36) [1:04.04] |
| 9 | Castro Vasco Monteiro | 2006 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'04''45 | 520 | | | |
50m 31.24 (31.24) 100m 1:04.45 (33.21) [1:04.45] |
| 10 | Oliveira Tomas Ferreira | 2006 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'04''63 | 516 | | | |
50m 31.16 (31.16) 100m 1:04.63 (33.47) [1:04.63] |
| 11 | Goncalves Manuel Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'05''00 | 507 | | | |
50m 30.31 (30.31) 100m 1:05.00 (34.69) [1:05.00] |
| 12 | Sousa Diogo Nunes | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'05''52 | 495 | | | |
50m 31.68 (31.68) 100m 1:05.52 (33.84) [1:05.52] |
| 13 | Cardoso Paulo Alexandre | 2003 | POR Clube De Natacao Da Maia | 01'10''71 | 394 | | | |
50m 33.89 (33.89) 100m 1:10.71 (36.82) [1:10.71] |
| 14 | Leal Manuel Joaquim | 2006 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'11''80 | 376 | | | |
50m 34.76 (34.76) 100m 1:11.80 (37.04) [1:11.80] |
| 15 | Neto Rodrigo Manuel | 2004 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'12''57 | 364 | | | |
50m 33.90 (33.90) 100m 1:12.57 (38.67) [1:12.57] |
| 16 | Pera Dinis Canais | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'15''21 | 327 | | | |
50m 35.24 (35.24) 100m 1:15.21 (39.97) [1:15.21] |
| 17 | Goncalves Martim Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'15''51 | 323 | | | |
50m 36.10 (36.10) 100m 1:15.51 (39.41) [1:15.51] |
