| 1 | Santos Dario Almeida | 1993 | POR Leixoes Sport Club | 00'52''34 | 632 |  |  | |
50m 24.68 (24.68) 100m 52.34 (27.66) [52.34] |
| 2 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'52''40 | 630 | | | |
50m 25.09 (25.09) 100m 52.40 (27.31) [52.40] |
| 3 | Rocha Ricardo Filipe | 2002 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'53''50 | 592 | | | |
50m 25.96 (25.96) 100m 53.50 (27.54) [53.50] |
| 4 | Moreira Ricardo Jorge | 2001 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'54''27 | 567 | | | |
50m 26.31 (26.31) 100m 54.27 (27.96) [54.27] |
| 5 | Morim Pedro Soares | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 00'56''34 | 507 | | | |
50m 27.42 (27.42) 100m 56.34 (28.92) [56.34] |
| 6 | Moreira Joao Pedro | 2004 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'57''00 | 490 | | | |
50m 27.77 (27.77) 100m 57.00 (29.23) [57.00] |
| 7 | Silva Frederico Ferreira | 2004 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'57''35 | 481 | | | |
50m 27.70 (27.70) 100m 57.35 (29.65) [57.35] |
| 8 | Ribeiro Joao Pedro | 2002 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'57''39 | 480 | | | |
50m 27.75 (27.75) 100m 57.39 (29.64) [57.39] |
| 9 | Marques Joao Miguel | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'57''97 | 465 | | | |
50m 27.50 (27.50) 100m 57.97 (30.47) [57.97] |
| 10 | Silva Pedro Manuel | 1997 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 00'58''13 | 462 | | | |
50m 27.59 (27.59) 100m 58.13 (30.54) [58.13] |
| | Madureira Rui Pedro | 2004 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 00'58''13 | 462 | | | |
50m 28.34 (28.34) 100m 58.13 (29.79) [58.13] |
| 12 | Seixas Bruno Miguel | 2001 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'58''44 | 454 | | | |
50m 28.53 (28.53) 100m 58.44 (29.91) [58.44] |
| 13 | Pereira Diogo Pontes | 2003 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'58''61 | 450 | | | |
50m 28.55 (28.55) 100m 58.61 (30.06) [58.61] |
| 14 | Goncalves Manuel Alves | 2006 | POR Celorico Basto Clube Natacao | 01'09''11 | 274 | | | |
50m 31.63 (31.63) 100m 1:09.11 (37.48) [1:09.11] |
