| 1 | Agapito Bernardo Gameiro | 1998 | POR Futebol Clube Ferreiras | 00'56''28 | 509 |  |  | |
50m 26.96 (26.96) 100m 56.28 (29.32) [56.28] |
| 2 | Sequeira Tomas Loia | 1998 | POR Clube De Futebol Os Armacenenses | 00'56''85 | 493 | | | |
50m 26.15 (26.15) 100m 56.85 (30.70) [56.85] |
| 3 | Ilha Joao Eduardo | 1998 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'57''92 | 467 | | | |
50m 27.80 (27.80) 100m 57.92 (30.12) [57.92] |
| 4 | Reis Alexandre Goncalves | 1983 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'58''82 | 445 | | | |
50m 27.79 (27.79) 100m 58.82 (31.03) [58.82] |
| 5 | Salgueiro Diogo Lopes | 1998 | POR Associacao Cult Desp Colegio Bernardette Romeira | 01'02''14 | 378 | | | |
50m 29.62 (29.62) 100m 1:02.14 (32.52) [1:02.14] |
| 6 | Martins Ricardo Morais | 1985 | POR Clube De Futebol Os Armacenenses | 01'02''23 | 376 | | | |
50m 28.77 (28.77) 100m 1:02.23 (33.46) [1:02.23] |
| 7 | Roque Hugo Soares | 1998 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'04''17 | 343 | | | |
50m 29.98 (29.98) 100m 1:04.17 (34.19) [1:04.17] |
| 8 | Esteves Francisco Duarte | 1994 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'05''50 | 322 | | | |
50m 29.60 (29.60) 100m 1:05.50 (35.90) [1:05.50] |
| 9 | Rosa Marco Jesus | 1994 | POR Ginasio Clube Naval De Faro | 01'06''06 | 314 | | | |
50m 31.20 (31.20) 100m 1:06.06 (34.86) [1:06.06] |
| 10 | Gaspar Andre Rafael Guerreiro | 1997 | POR Ginasio Clube Naval De Faro | 01'06''75 | 305 | | | |
50m 31.51 (31.51) 100m 1:06.75 (35.24) [1:06.75] |
| 11 | Tristao David Brito | 1975 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'07''75 | 291 | | | |
50m 32.19 (32.19) 100m 1:07.75 (35.56) [1:07.75] |
| 12 | Jose Alexandre Poeira | 1998 | POR Associacao Cult Desp Colegio Bernardette Romeira | 01'14''55 | 219 | | | |
50m 34.36 (34.36) 100m 1:14.55 (40.19) [1:14.55] |
| 13 | Santos Filipe Bjorcke | 1988 | POR Futebol Clube Ferreiras | 01'18''80 | 185 | | | |
50m 37.00 (37.00) 100m 1:18.80 (41.80) [1:18.80] |
