| 1 | Pires Miguel Pinheiro | 1978 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 01'04''29 | 873,70 |  |  | |
50m 29.59 (29.59) 100m 1:04.29 (34.70) [1:04.29] |
| 2 | Nascimento Paulo Sergio Borges Do | 1976 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'06''03 | 850,67 | | | |
50m 29.74 (29.74) 100m 1:06.03 (36.29) [1:06.03] |
| 3 | Barbosa Celso Ruben | 1977 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'07''38 | 833,63 | | | |
50m 32.46 (32.46) 100m 1:07.38 (34.92) [1:07.38] |
| 4 | Faria Miguel Alberto | 1974 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'11''64 | 784,06 | | | |
50m 32.27 (32.27) 100m 1:11.64 (39.37) [1:11.64] |
| 5 | Bento Goncalo Mano | 1977 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'11''97 | 780,46 | | | |
50m 32.94 (32.94) 100m 1:11.97 (39.03) [1:11.97] |
| 6 | Tojo Jose Manuel | 1977 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'21''61 | 688,27 | | | |
50m 35.43 (35.43) 100m 1:21.61 (46.18) [1:21.61] |
| 7 | Oliveira Sergio Frederico | 1974 | POR Ginasio Clube Portugues | 01'24''22 | 666,94 | | | |
50m 38.51 (38.51) 100m 1:24.22 (45.71) [1:24.22] |
| 8 | Pinto Nuno Miguel | 1974 | POR Gesloures-Gestao Equip. Sociais, Em | 01'31''36 | 614,82 | | | |
50m 41.25 (41.25) 100m 1:31.36 (50.11) [1:31.36] |
| 9 | Rico Pedro Miguel | 1975 | POR Clube Naval De Peniche | 01'31''83 | 611,67 | | | |
50m 42.01 (42.01) 100m 1:31.83 (49.82) [1:31.83] |
| 10 | Ferreira Jorge Santos | 1978 | POR Fundacao Salesianos De Lisboa | 01'40''65 | 558,07 | | | |
50m 42.82 (42.82) 100m 1:40.65 (57.83) [1:40.65] |
| 11 | Pereira Norberto Matos | 1975 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'59''65 | 469,45 | | | |
50m 53.97 (53.97) 100m 1:59.65 (1:05.68) [1:59.65] |
