| 1 | Matias Rafael Candeias | 2003 | POR Clube Natacao De Lagos | 00'31''05 | 537 |
| 2 | Engelen Dario | 2003 | POR Louletano Desportos Clube | 00'31''69 | 505 |
| 3 | Santos Joao Duarte | 1995 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'32''41 | 472 |
| 4 | Joaquim Andre Serro | 2000 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'32''70 | 460 |
| 5 | Sequeira Duarte Nunes | 2002 | POR Clube Natacao De Lagos | 00'32''78 | 457 |
| | Vazquez Civila Juan Pedro | 1994 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 00'32''78 | 457 |
| 7 | Hadzhilar Soner Tunay | 1993 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'32''84 | 454 |
| 8 | Fernandes Luis Pedro | 1996 | POR Louletano Desportos Clube | 00'32''88 | 452 |
| 9 | Viegas Hugo Miguel | 2002 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'33''09 | 444 |
| 10 | Fonseca Leandro Dinis | 2002 | POR Clube Natacao De Lagos | 00'33''41 | 431 |
| 11 | Cristina Joao Martins | 2003 | POR Louletano Desportos Clube | 00'33''56 | 425 |
| 12 | Carrasco Joao Pedro | 2003 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'33''69 | 420 |
| 13 | Figueroa Perez Marin Sergio | 2003 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 00'33''75 | 418 |
| 14 | Farinha Joao Fernandes | 2002 | POR Lagoa Academico Clube | 00'34''00 | 409 |
| 15 | Kondratenko Antonio | 2001 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'34''24 | 401 |
| 16 | Gomes Diogo Sousa | 2002 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'34''28 | 399 |
| 17 | Santos Miguel Alexandre | 2003 | POR Clube Natacao De Olhao | 00'34''70 | 385 |
| 18 | Bonanca Diogo Osorio | 2001 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'34''78 | 382 |
| 19 | Pereira Henrique Saraiva | 2003 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'35''22 | 368 |
| 20 | Marcos Alexandre Teixeira | 2000 | POR Louletano Desportos Clube | 00'35''27 | 366 |
| 21 | Herminio Joao Pereira | 2002 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'35''72 | 353 |
| 22 | Jurca Alexandre Joao | 2002 | POR Louletano Desportos Clube | 00'35''78 | 351 |
| 23 | Chaveiro Francisco Martins | 2002 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'35''86 | 349 |
| 24 | Morales Alvarez David | 1998 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 00'36''25 | 337 |
| 25 | Pires David Soares | 2001 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'36''26 | 337 |
| | Cardoso Guilherme Dias | 2003 | POR Futebol Clube Ferreiras | 00'36''26 | 337 |
| 27 | Costa Alexandre Afonso | 2003 | POR Louletano Desportos Clube | 00'36''50 | 331 |
| 28 | Correia Joao Francisco | 2002 | POR Futebol Clube Ferreiras | 00'36''59 | 328 |
| 29 | Ferramacho Goncalo Santos | 1998 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 00'36''66 | 326 |
| 30 | Mestre Afonso Gomes | 2003 | POR Louletano Desportos Clube | 00'36''79 | 323 |
| 31 | Conceicao Hugo Pacheco | 2003 | POR Lagoa Academico Clube | 00'36''96 | 318 |
| 32 | Marquez Martin Alvaro | 1997 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 00'36''99 | 318 |
| 33 | Agapito Tomas Manuel | 2002 | POR Futebol Clube Ferreiras | 00'37''10 | 315 |
| 34 | Marin Daniel | 2002 | POR Futebol Clube Ferreiras | 00'37''41 | 307 |
| 35 | Costa Pedro Santos | 2002 | POR Lagoa Academico Clube | 00'37''94 | 294 |
| 36 | Carvalho Nuno Alexandre | 2003 | POR Lagoa Academico Clube | 00'38''33 | 285 |
| 37 | Cardoso Tiago Filipe | 2001 | POR Associacao Cult Desp Colegio Bernardette Romeira | 00'39''16 | 268 |
| 38 | Rosa Marco Antonio | 1994 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'40''84 | 236 |
| 39 | Raposo Luis Pedro | 2003 | POR Clube Natacao De Beja | 00'41''73 | 221 |
| 40 | Vieira Jose Gabriel | 1983 | POR Clube De Natacao De Faro | 00'45''82 | 167 |
| 41 | Matos Ricardo Miguel | 1991 | POR Clube De Natacao De Faro | 01'08''50 | 50 |
