| 1 | Rodrigues Rodrigo Vieira | 2006 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'07''58 | 451 |  |  | |
50m 32.47 (32.47) 100m 1:07.58 (35.11) [1:07.58] |
| 2 | Denisov Micael Dmitrievich | 2006 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'11''05 | 388 | | | |
50m 34.98 (34.98) 100m 1:11.05 (36.07) [1:11.05] |
| 3 | Guedes Alexandre Fontes | 2006 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'15''02 | 330 | | | |
50m 37.25 (37.25) 100m 1:15.02 (37.77) [1:15.02] |
| 4 | Lemos Gil Santos | 2006 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 01'15''55 | 323 | | | |
50m 36.83 (36.83) 100m 1:15.55 (38.72) [1:15.55] |
| 5 | Rodrigues Joao Carvalho | 2006 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'16''68 | 309 | | | |
50m 37.61 (37.61) 100m 1:16.68 (39.07) [1:16.68] |
| 6 | Silva Miguel Valerio | 2006 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 01'16''96 | 305 | | | |
50m 37.66 (37.66) 100m 1:16.96 (39.30) [1:16.96] |
| 7 | Jesus Luis Duarte | 2006 | POR Clube Galitos De Aveiro | 01'17''60 | 298 | | | |
50m 38.30 (38.30) 100m 1:17.60 (39.30) [1:17.60] |
| 8 | Ferreira Joao Rafael | 2006 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'17''67 | 297 | | | |
50m 38.06 (38.06) 100m 1:17.67 (39.61) [1:17.67] |
| 9 | Simoes Filipe Cruz | 2006 | POR Clube Nautico De Miranda Do Corvo | 01'18''26 | 290 | | | |
50m 38.66 (38.66) 100m 1:18.26 (39.60) [1:18.26] |
| 10 | Campos Ricardo Lima | 2006 | POR Associacao Desportiva Sanjoanense/Fepsa | 01'18''43 | 288 | | | |
50m 38.29 (38.29) 100m 1:18.43 (40.14) [1:18.43] |
| 11 | Jesus Manuel Faveiro | 2006 | POR Nucleo Desportivo De Ansiao | 01'18''54 | 287 | | | |
50m 38.81 (38.81) 100m 1:18.54 (39.73) [1:18.54] |
| 12 | Cruz Rodrigo Costa | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'19''58 | 276 | | | |
50m 38.86 (38.86) 100m 1:19.58 (40.72) [1:19.58] |
| 13 | Su Joao | 2006 | POR Nucleo Desportivo De Ansiao | 01'20''61 | 266 | | | |
50m 39.50 (39.50) 100m 1:20.61 (41.11) [1:20.61] |
| 14 | Apostolo Gaspar Goncalo | 2006 | POR Junta Freguesia Do Paiao | 01'20''90 | 263 | | | |
50m 39.31 (39.31) 100m 1:20.90 (41.59) [1:20.90] |
| 15 | Oliveira Carlos Miguel | 2006 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 01'21''14 | 260 | | | |
50m 39.10 (39.10) 100m 1:21.14 (42.04) [1:21.14] |
| 16 | Carvalho Pedro Fernandes | 2006 | POR Clube Nautico De Miranda Do Corvo | 01'21''90 | 253 | | | |
50m 39.48 (39.48) 100m 1:21.90 (42.42) [1:21.90] |
| 17 | Branco Vasco Pedro | 2006 | POR Clube Naval Da Nazare | 01'22''44 | 248 | | | |
50m 40.91 (40.91) 100m 1:22.44 (41.53) [1:22.44] |
| 18 | Marques Joao Ferreira | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'22''68 | 246 | | | |
50m 40.68 (40.68) 100m 1:22.68 (42.00) [1:22.68] |
| 19 | Ferreira Cristiano Nogueira | 2006 | POR Nucleo Desporto Amador De Pombal | 01'22''69 | 246 | | | |
50m 41.27 (41.27) 100m 1:22.69 (41.42) [1:22.69] |
| 20 | Frazao Francisco Couto | 2006 | POR Condeixa Aqua Clube | 01'23''21 | 241 | | | |
50m 40.18 (40.18) 100m 1:23.21 (43.03) [1:23.21] |
| 21 | Martins Henrique Ferreira | 2006 | POR Sport Alges E Agueda | 01'23''85 | 236 | | | |
50m 41.32 (41.32) 100m 1:23.85 (42.53) [1:23.85] |
| 22 | Santos Eduardo Pinto | 2006 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'23''88 | 236 | | | |
50m 41.92 (41.92) 100m 1:23.88 (41.96) [1:23.88] |
| 23 | Pereira David Parreiras | 2006 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 01'24''02 | 235 | | | |
50m 40.66 (40.66) 100m 1:24.02 (43.36) [1:24.02] |
| 24 | Carvalho Francisco Cruz | 2006 | POR Casa Povo S. Pedro Alva | 01'24''45 | 231 | | | |
50m 42.07 (42.07) 100m 1:24.45 (42.38) [1:24.45] |
| 25 | Sorokovkin Dinis Vlasov | 2006 | POR Sporting Clube De Aveiro | 01'24''47 | 231 | | | |
50m 41.31 (41.31) 100m 1:24.47 (43.16) [1:24.47] |
| 26 | Vintem Goncalo Rodrigues | 2006 | POR Nucleo Desportivo De Ansiao | 01'24''65 | 229 | | | |
50m 41.31 (41.31) 100m 1:24.65 (43.34) [1:24.65] |
| 27 | Dias Henrique Tavares | 2006 | POR Clube Nautico Academico/Urgicentro-Sanfil | 01'25''48 | 223 | | | |
50m 41.71 (41.71) 100m 1:25.48 (43.77) [1:25.48] |
| 28 | Mendes Edgar Tavares | 2006 | POR Associacao Academica De Coimbra | 01'26''31 | 216 | | | |
50m 41.32 (41.32) 100m 1:26.31 (44.99) [1:26.31] |
| 29 | Cordeiro David Santiago | 2006 | POR Clube Naval De Peniche | 01'26''82 | 213 | | | |
50m 42.35 (42.35) 100m 1:26.82 (44.47) [1:26.82] |
| 30 | Meneses Martim Ribeiro | 2006 | POR Academia Cult Rec Concelho Castro Daire | 01'27''51 | 208 | | | |
50m 42.38 (42.38) 100m 1:27.51 (45.13) [1:27.51] |
| 31 | Paz Simao Domingues | 2006 | POR Clube Nautico De Miranda Do Corvo | 01'27''70 | 206 | | | |
50m 42.54 (42.54) 100m 1:27.70 (45.16) [1:27.70] |
| 32 | Monteiro Joao Gabriel | 2006 | POR Desportivo Nautico Da Marinha Grande | 01'30''53 | 187 | | | |
50m 44.01 (44.01) 100m 1:30.53 (46.52) [1:30.53] |
| 33 | Oliveira Ruben Simao | 2006 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'31''49 | 182 | | | |
50m 45.43 (45.43) 100m 1:31.49 (46.06) [1:31.49] |
| 34 | Rafael Afonso Ribeiro | 2006 | POR Sporting Clube De Espinho | 01'33''11 | 172 | | | |
50m 45.37 (45.37) 100m 1:33.11 (47.74) [1:33.11] |
